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万見
- PDB-7x11: Crystal structure of ME1 in complex with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7x11
タイトルCrystal structure of ME1 in complex with NADPH
要素NADP-dependent malic enzyme
キーワードOXIDOREDUCTASE / malic enzyme / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / regulation of NADP metabolic process / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / nucleotide biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / NADP metabolic process / Pyruvate metabolism ...malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / regulation of NADP metabolic process / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / nucleotide biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / NADP metabolic process / Pyruvate metabolism / response to carbohydrate / NADH metabolic process / pyruvate metabolic process / Regulation of pyruvate metabolism / response to hormone / PPARA activates gene expression / ADP binding / NAD binding / NADP binding / manganese ion binding / protein homotetramerization / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / magnesium ion binding / mitochondrion / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain ...Malic enzyme, conserved site / Malic enzymes signature. / Malic oxidoreductase / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD-binding / Malic enzyme, N-terminal domain superfamily / Malic enzyme, N-terminal domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Malic enzyme, NAD binding domain / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-86I / : / Chem-NDP / NADP-dependent malic enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Amano, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Discovery and Characterization of a Novel Allosteric Small-Molecule Inhibitor of NADP + -Dependent Malic Enzyme 1.
著者: Yoshida, T. / Kawabe, T. / Cantley, L.C. / Lyssiotis, C.A.
履歴
登録2022年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADP-dependent malic enzyme
B: NADP-dependent malic enzyme
C: NADP-dependent malic enzyme
D: NADP-dependent malic enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,96116
ポリマ－256,8944
非ポリマー5,06812
水10,845602
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23430 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area79880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.697, 181.685, 117.625
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
NADP-dependent malic enzyme / NADP-ME / Malic enzyme 1


分子量: 64223.383 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P48163, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-86I / 6-[(7-methyl-2-propyl-imidazo[4,5-b]pyridin-4-yl)methyl]-2-[2-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]-1,3-benzothiazole


分子量: 466.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22N8S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: HEPES, ammonium chloride, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→47.57 Å / Num. obs: 174875 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 861781 / Scaling rejects: 420
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.07-2.114.51.1593834986020.8370.6491.341.994.5
11.34-47.575.40.0196042111610.0090.02149.489.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WJA

3wja


解像度: 2.07→46.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 6.615 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2993 8756 5 %RANDOM
Rwork0.2646 ---
obs0.2664 164859 93.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 130.7 Å2 / Biso mean: 35.324 Å2 / Biso min: 16.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6 Å2-0 Å20 Å2
2---2.52 Å2-0 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.07→46.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17804 0 332 602 18738
Biso mean--34.22 39 -
残基数----2256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01218516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.66625112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47452252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70622.917960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.532153228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.89615112
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.22412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214456
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.124 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.49 631 -
Rwork0.465 12069 -
all-12700 -
obs--93.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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