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万見
- PDB-7wni: Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7wni
タイトルCrystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor Y13158
要素Isoform 4 of Bromodomain-containing protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / BRD2-BD2 / Bromodomain / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain ...: / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JGU / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Bromodomain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Li, J. / Zhang, C. / Xu, H. / Zhuang, X. / Wu, X. / Zhang, Y. / Xu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81673357 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Discovery and Optimization of Furo[3,2- c ]pyridin-4(5 H )-one Derivatives as Potent and Second Bromodomain (BD2)-Selective Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Inhibitors.
著者: Li, J. / Zhang, C. / Xu, H. / Wang, C. / Dong, R. / Shen, H. / Zhuang, X. / Chen, X. / Li, Q. / Lu, J. / Zhang, M. / Wu, X. / Loomes, K.M. / Zhou, Y. / Zhang, Y. / Liu, J. / Xu, Y.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 4 of Bromodomain-containing protein 2
B: Isoform 4 of Bromodomain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4689
ポリマ－31,9622
非ポリマー1,5067
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.685, 108.685, 81.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Isoform 4 of Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein


分子量: 15981.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BRD2_HUMAN, P25440, sequence from 320-343 are tags. EGDIHMKKGHHHHHHENLYFQGGS
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物 ChemComp-JGU / 7-[2-[2,4-bis(fluoranyl)phenoxy]-5-(2-oxidanylpropan-2-yl)phenyl]-2-[4-(2-hydroxyethyloxy)-3,5-dimethyl-phenyl]-5-methyl-furo[3,2-c]pyridin-4-one


分子量: 575.599 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H31F2NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 4.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 197 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.12→76.85 Å / Num. obs: 9140 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.798 / Rmerge(I) obs: 0.301 / Rpim(I) all: 0.136 / Rrim(I) all: 0.332 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 50495 / Scaling rejects: 106
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.12-3.345.50.739890716070.8190.3310.8132.2100
8.83-76.854.60.18221604720.6990.1130.2176.299.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6E6J

6e6j


解像度: 3.12→76.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 22.528 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.934 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 461 5.1 %RANDOM
Rwork0.2078 ---
obs0.2104 8654 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.48 Å2 / Biso mean: 46.485 Å2 / Biso min: 13.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.34 Å20 Å20 Å2
2---5.34 Å20 Å2
3---10.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.12→76.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 107 6 1915
Biso mean--53.41 28.42 -
残基数----218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021971
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7112.0112657
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9893.0094182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2275218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.51523.19194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.18115337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.791513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02419
LS精密化 シェル解像度: 3.12→3.201 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 38 -
Rwork0.372 619 -
all-657 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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