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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7wni | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD2 in complex with the inhibitor Y13158 | ||||||
![]() | Isoform 4 of Bromodomain-containing protein 2 | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / BRD2-BD2 / Bromodomain / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, J. / Zhang, C. / Xu, H. / Zhuang, X. / Wu, X. / Zhang, Y. / Xu, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Discovery and Optimization of Furo[3,2- c ]pyridin-4(5 H )-one Derivatives as Potent and Second Bromodomain (BD2)-Selective Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Inhibitors. 著者: Li, J. / Zhang, C. / Xu, H. / Wang, C. / Dong, R. / Shen, H. / Zhuang, X. / Chen, X. / Li, Q. / Lu, J. / Zhang, M. / Wu, X. / Loomes, K.M. / Zhou, Y. / Zhang, Y. / Liu, J. / Xu, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7wjsC ![]() 7wkyC ![]() 7wlnC ![]() 7wmqC ![]() 7wmuC ![]() 7wn5C ![]() 7wnaC ![]() 6e6jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15981.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: BRD2_HUMAN, P25440, sequence from 320-343 are tags. EGDIHMKKGHHHHHHENLYFQGGS 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 4.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 197 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.12→76.85 Å / Num. obs: 9140 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.798 / Rmerge(I) obs: 0.301 / Rpim(I) all: 0.136 / Rrim(I) all: 0.332 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 50495 / Scaling rejects: 106 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6E6J 解像度: 3.12→76.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 22.528 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.934 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 121.48 Å2 / Biso mean: 46.485 Å2 / Biso min: 13.12 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.12→76.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.12→3.201 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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