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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7w93 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E.coli pseudouridine kinase PsuK complexed with N1-methyl-pseudouridine | ||||||
要素 | PfkB domain protein | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Kinase / sugar / pseudouridine / m1-pseudouridine / mRNA vaccine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli BL21 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Li, K.J. / Li, X.J. / Wu, B.X. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022 タイトル: Structure Characterization of Escherichia coli Pseudouridine Kinase PsuK. 著者: Li, X. / Li, K. / Guo, W. / Wen, Y. / Meng, C. / Wu, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7w93.cif.gz | 168.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7w93.ent.gz | 111.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7w93.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7w93_validation.pdf.gz | 790.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7w93_full_validation.pdf.gz | 798.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7w93_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7w93_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/7w93 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/7w93 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7vkpSC 7vskC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33781.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 株: B / BL21-DE3 / 遺伝子: ECBD_1492 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140N873 |
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#2: 化合物 | ChemComp-8IZ / |
#3: 化合物 | ChemComp-K / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.02 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 22% w/v Poly(acrylic acid sodium salt) 5100 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 41758 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 28.2 % / Biso Wilson estimate: 32.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 21.6 % / Rmerge(I) obs: 1.462 / Num. unique obs: 5922 / CC1/2: 0.651 / Rpim(I) all: 0.301 / Rrim(I) all: 1.498 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7VKP 解像度: 1.9→29.19 Å / SU ML: 0.2182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.169 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 74.5586871219 Å / Origin y: -19.8952284959 Å / Origin z: -3.95126651783 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |