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- PDB-7w30: Tudor domain of SMN in complex with a small molecule -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7w30
タイトルTudor domain of SMN in complex with a small molecule
要素Survival motor neuron protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / SMN / Tudor domain / small molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


Gemini of coiled bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / DNA-templated transcription termination / Z disc / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / nervous system development ...Gemini of coiled bodies / SMN complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / DNA-templated transcription termination / Z disc / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / nervous system development / snRNP Assembly / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / perikaryon / nuclear body / neuron projection / axon / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Survival Motor Neuron, YG-box / Survival Motor Neuron, Gemin2-binding domain / SMN complex subunit Smn1 / : / Survival motor neuron, Tudor domain / Survival motor neuron protein (SMN), Tudor domain / Tudor domain profile. / Tudor domain / Tudor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dimethylquinolin-4-imine / Survival motor neuron protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Li, W. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Liu, Y. / Min, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: A small molecule antagonist of SMN disrupts the interaction between SMN and RNAP II.
著者: Liu, Y. / Iqbal, A. / Li, W. / Ni, Z. / Wang, Y. / Ramprasad, J. / Abraham, K.J. / Zhang, M. / Zhao, D.Y. / Qin, S. / Loppnau, P. / Jiang, H. / Guo, X. / Brown, P.J. / Zhen, X. / Xu, G. / ...著者: Liu, Y. / Iqbal, A. / Li, W. / Ni, Z. / Wang, Y. / Ramprasad, J. / Abraham, K.J. / Zhang, M. / Zhao, D.Y. / Qin, S. / Loppnau, P. / Jiang, H. / Guo, X. / Brown, P.J. / Zhen, X. / Xu, G. / Mekhail, K. / Ji, X. / Bedford, M.T. / Greenblatt, J.F. / Min, J.
履歴
登録2021年11月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Survival motor neuron protein
B: Survival motor neuron protein
C: Survival motor neuron protein
D: Survival motor neuron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,09837
ポリマ－29,4094
非ポリマー68933
水1,982110
1
A: Survival motor neuron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,69713
ポリマ－7,3521
非ポリマー34412
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Survival motor neuron protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3528
ポリマ－7,3521
非ポリマー07
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Survival motor neuron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,52410
ポリマ－7,3521
非ポリマー1729
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Survival motor neuron protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5246
ポリマ－7,3521
非ポリマー1725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.725, 70.725, 119.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
Survival motor neuron protein / Component of gems 1 / Gemin-1


分子量: 7352.253 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMN1, SMN, SMNT, SMN2, SMNC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16637
#2: 化合物
ChemComp-8AT / 1,2-dimethylquinolin-4-imine


分子量: 172.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 29 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.22 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Hepes, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→35.36 Å / Num. obs: 32704 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 29.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 1857 / CC1/2: 0.774

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QQ6

4qq6


解像度: 1.8→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 6.187 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2579 1243 3.8 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.2118 31293 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.27 Å2 / Biso mean: 29.034 Å2 / Biso min: 5.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20.1 Å20 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1791 0 94 110 1995
Biso mean--30.83 32.33 -
残基数----236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0131943
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0171681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.921.6582671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5351.6123899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5055246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6625.30183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.39815285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.311154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02388
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 84 -
Rwork0.267 2228 -
all-2312 -
obs--98.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5707-1.564-0.49863.41170.30713.1486-0.02970.09230.3211-0.0830.0596-0.3592-0.2243-0.0103-0.02990.17470.04190.00480.0649-0.02360.071825.616928.807925.6153
22.9362-0.82920.01133.4907-0.22812.47580.0064-0.18890.13530.21530.0929-0.4024-0.08160.2441-0.09930.1890.0904-0.07090.0899-0.05560.08914.008642.25741.0186
33.1338-0.64790.84973.823-0.53764.2701-0.038-0.1680.06860.09270.0596-0.0029-0.1347-0.0518-0.02160.09540.0861-0.02660.0893-0.02920.010226.599126.489348.868
42.2201-1.7069-0.0032.8947-0.21595.624-0.00390.25060.2509-0.4378-0.1371-0.391-0.12690.47240.14090.2596-0.01120.01650.14290.02550.100312.100444.046115.0093
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A88 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B89 - 302
3X-RAY DIFFRACTION3C88 - 301
4X-RAY DIFFRACTION4D91 - 301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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