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- PDB-7vws: Carbazole Prenyl Transferase LvqB4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vws
タイトルCarbazole Prenyl Transferase LvqB4
要素LvqB4
キーワードTRANSFERASE / Prenyl transferase / Squalene synthase
機能・相同性Chem-83B / Chem-AO6
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Suemune, H. / Nagata, R. / Kuzuyama, T. / Nagano, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H04658 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H05780 日本
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for the Prenylation Reaction of Carbazole-Containing Natural Products Catalyzed by Squalene Synthase-Like Enzymes.
著者: Nagata, R. / Suemune, H. / Kobayashi, M. / Shinada, T. / Shin-Ya, K. / Nishiyama, M. / Hino, T. / Sato, Y. / Kuzuyama, T. / Nagano, S.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LvqB4
B: LvqB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,32110
ポリマ－82,0532
非ポリマー1,2688
水12,376687
1
A: LvqB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6605
ポリマ－41,0261
非ポリマー6344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14990 Å2
手法PISA
2
B: LvqB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6605
ポリマ－41,0261
非ポリマー6344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.240, 71.394, 83.894
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.907, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 LvqB4


分子量: 41026.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AO6 / 2-methyl-1-[(2R)-2-oxidanylpropyl]-9H-carbazole-3,4-dione / (R)-(-)-デスプレニルカルキノスタチンA


分子量: 269.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-83B / [(3S)-3,7-dimethyloct-6-enyl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 316.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.999999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→45.69 Å / Num. obs: 68798 / % possible obs: 89.46 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 24.09 Å2 / CC1/2: 0.913 / Net I/σ(I): 9.43
反射 シェル解像度: 1.71→1.771 Å / Num. unique obs: 18243 / CC1/2: 0.627

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Se-SAD

解像度: 1.71→45.69 Å / SU ML: 0.2134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.0177
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 3378 4.97 %
Rwork0.1761 64627 -
obs0.1779 68005 89.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→45.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5215 0 82 687 5984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00645417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76127344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451794
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.54081991
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.730.3555840.2821500X-RAY DIFFRACTION50.03
1.73-1.760.3698730.30621658X-RAY DIFFRACTION54.62
1.76-1.780.8674800.84051327X-RAY DIFFRACTION55.18
1.79-1.820.53731200.57541766X-RAY DIFFRACTION63.08
1.82-1.850.2841140.21352179X-RAY DIFFRACTION73.45
1.85-1.880.27341220.2052569X-RAY DIFFRACTION83.96
1.88-1.920.251390.19642799X-RAY DIFFRACTION93.27
1.92-1.960.24871320.19042878X-RAY DIFFRACTION95.46
1.96-20.2231590.18032905X-RAY DIFFRACTION96.81
2-2.040.24461490.17992966X-RAY DIFFRACTION98.76
2.04-2.10.22281560.17392962X-RAY DIFFRACTION98.55
2.1-2.150.22041400.17012975X-RAY DIFFRACTION98.95
2.15-2.220.19211500.16352989X-RAY DIFFRACTION99.08
2.22-2.290.21221480.16512981X-RAY DIFFRACTION99.27
2.29-2.370.23011830.16982974X-RAY DIFFRACTION99.34
2.37-2.460.22981750.17122978X-RAY DIFFRACTION99.24
2.46-2.580.19311420.17732991X-RAY DIFFRACTION99.49
2.58-2.710.25711530.17673025X-RAY DIFFRACTION99.59
2.71-2.880.20931820.17442994X-RAY DIFFRACTION99.75
2.88-3.10.21061480.1773023X-RAY DIFFRACTION99.69
3.1-3.420.21961830.16232982X-RAY DIFFRACTION99.91
3.42-3.910.17151410.1483051X-RAY DIFFRACTION99.72
3.91-4.930.15371490.14883048X-RAY DIFFRACTION99.69
4.93-45.690.20731560.19183107X-RAY DIFFRACTION99.45
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.29545145775 Å / Origin y: -16.0756513858 Å / Origin z: 20.4886773929 Å
111213212223313233
T0.192051284262 Å2-0.0321207098765 Å20.00864091630685 Å2-0.166094101703 Å2-0.00166735133397 Å2--0.137574730024 Å2
L0.320175586835 °2-0.289674599238 °20.0582814258145 °2-0.602898274972 °2-0.0857549978631 °2--0.244544976692 °2
S0.0252264607527 Å °0.0286084896305 Å °-0.0168881657128 Å °-0.042696503287 Å °-0.0432911234952 Å °0.0238166709197 Å °0.00541694000537 Å °0.00309382321024 Å °0.0195042715157 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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