PDB-7vws: Carbazole Prenyl Transferase LvqB4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7vws

タイトル

Carbazole Prenyl Transferase LvqB4

要素

LvqB4

キーワード

TRANSFERASE / Prenyl transferase / Squalene synthase

機能・相同性

Chem-83B / Chem-AO6

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Suemune, H. / Nagata, R. / Kuzuyama, T. / Nagano, S.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for the Prenylation Reaction of Carbazole-Containing Natural Products Catalyzed by Squalene Synthase-Like Enzymes.
著者: Nagata, R. / Suemune, H. / Kobayashi, M. / Shinada, T. / Shin-Ya, K. / Nishiyama, M. / Hino, T. / Sato, Y. / Kuzuyama, T. / Nagano, S.

履歴

登録	2021年11月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年5月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7vws.cif.gz	363.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7vws.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7vws.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vw/7vws	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7vwtC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LvqB4

B: LvqB4

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LvqB4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: LvqB4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.240, 71.394, 83.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.907, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	LvqB4 分子量: 41026.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-AO6 / 2-methyl-1-[(2R)-2-oxidanylpropyl]-9H-carbazole-3,4-dione 分子量: 269.295 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-83B / [(3S)-3,7-dimethyloct-6-enyl] phosphono hydrogen phosphate 分子量: 316.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.32 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 0.999999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→45.69 Å / Num. obs: 68798 / % possible obs: 89.46 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.09 Å² / CC_1/2: 0.913 / Net I/σ(I): 9.43
反射シェル	解像度: 1.71→1.771 Å / Num. unique obs: 18243 / CC_1/2: 0.627

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Se-SAD

解像度: 1.71→45.69 Å / SU ML: 0.2134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.0177
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2133	3378	4.97 %
R_work	0.1761	64627	-
obs	0.1779	68005	89.46 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→45.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5215	0	82	687	5984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	5417
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7612	7344
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0451	794
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	946
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5408	1991

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.73	0.3555	84	0.282	1500	X-RAY DIFFRACTION	50.03
1.73-1.76	0.3698	73	0.3062	1658	X-RAY DIFFRACTION	54.62
1.76-1.78	0.8674	80	0.8405	1327	X-RAY DIFFRACTION	55.18
1.79-1.82	0.5373	120	0.5754	1766	X-RAY DIFFRACTION	63.08
1.82-1.85	0.284	114	0.2135	2179	X-RAY DIFFRACTION	73.45
1.85-1.88	0.2734	122	0.205	2569	X-RAY DIFFRACTION	83.96
1.88-1.92	0.25	139	0.1964	2799	X-RAY DIFFRACTION	93.27
1.92-1.96	0.2487	132	0.1904	2878	X-RAY DIFFRACTION	95.46
1.96-2	0.223	159	0.1803	2905	X-RAY DIFFRACTION	96.81
2-2.04	0.2446	149	0.1799	2966	X-RAY DIFFRACTION	98.76
2.04-2.1	0.2228	156	0.1739	2962	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.1-2.15	0.2204	140	0.1701	2975	X-RAY DIFFRACTION	98.95
2.15-2.22	0.1921	150	0.1635	2989	X-RAY DIFFRACTION	99.08
2.22-2.29	0.2122	148	0.1651	2981	X-RAY DIFFRACTION	99.27
2.29-2.37	0.2301	183	0.1698	2974	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.37-2.46	0.2298	175	0.1712	2978	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.46-2.58	0.1931	142	0.1773	2991	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.58-2.71	0.2571	153	0.1767	3025	X-RAY DIFFRACTION	99.59
2.71-2.88	0.2093	182	0.1744	2994	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.88-3.1	0.2106	148	0.177	3023	X-RAY DIFFRACTION	99.69
3.1-3.42	0.2196	183	0.1623	2982	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.42-3.91	0.1715	141	0.148	3051	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.91-4.93	0.1537	149	0.1488	3048	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.93-45.69	0.2073	156	0.1918	3107	X-RAY DIFFRACTION	99.45

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.29545145775 Å / Origin y: -16.0756513858 Å / Origin z: 20.4886773929 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.192051284262 Å²	-0.0321207098765 Å²	0.00864091630685 Å²	-	0.166094101703 Å²	-0.00166735133397 Å²	-	-	0.137574730024 Å²
L	0.320175586835 °²	-0.289674599238 °²	0.0582814258145 °²	-	0.602898274972 °²	-0.0857549978631 °²	-	-	0.244544976692 °²
S	0.0252264607527 Å °	0.0286084896305 Å °	-0.0168881657128 Å °	-0.042696503287 Å °	-0.0432911234952 Å °	0.0238166709197 Å °	0.00541694000537 Å °	0.00309382321024 Å °	0.0195042715157 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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