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- PDB-7vqt: Crystal structure of LSD1 in complex with compound 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vqt
タイトルCrystal structure of LSD1 in complex with compound 5
要素Lysine-specific histone demethylase 1A
キーワードOXIDOREDUCTASE / DEMETHYLASE / AMINE OXIDASE / CHROMATIN / HISTONE / FAD / MECHANISM-BASED INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H4K20 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / neuron maturation ...guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylase activity / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H4K20 demethylase activity / histone H3K4 demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / neuron maturation / muscle cell development / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / positive regulation of neural precursor cell proliferation / DNA repair complex / nuclear androgen receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of stem cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA repair-dependent chromatin remodeling / histone methyltransferase complex / histone demethylase activity / positive regulation of cell size / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / epigenetic regulation of gene expression / cellular response to cAMP / positive regulation of protein ubiquitination / Regulation of PTEN gene transcription / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / positive regulation of neuron projection development / cerebral cortex development / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / p53 binding / cellular response to UV / transcription corepressor activity / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7UW / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / L(+)-TARTARIC ACID / Lysine-specific histone demethylase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Niwa, H. / Koda, Y. / Sato, S. / Yamamoto, H. / Koyama, H. / Umehara, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03388, 20K21406 日本
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Design and Synthesis of Tranylcypromine-Derived LSD1 Inhibitors with Improved hERG and Microsomal Stability Profiles.
著者: Koda, Y. / Sato, S. / Yamamoto, H. / Niwa, H. / Watanabe, H. / Watanabe, C. / Sato, T. / Nakamura, K. / Tanaka, A. / Shirouzu, M. / Honma, T. / Fukami, T. / Koyama, H. / Umehara, T.
履歴
登録2021年10月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9328
ポリマ－74,3331
非ポリマー1,5997
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area30380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)185.256, 185.256, 106.881
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A / BRAF35-HDAC complex protein BHC110 / Flavin-containing amine oxidase domain-containing protein 2


分子量: 74333.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM1A, AOF2, KDM1, KIAA0601, LSD1 / プラスミド: PETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)
参照: UniProt: O60341, [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-7UW / 3-[3,5-bis(fluoranyl)-2-[(2-fluoranylpyridin-4-yl)methoxy]phenyl]propanal


分子量: 295.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12F3NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M MES (pH 6.2-6.3), 0.2M diammonium tartrate, 0.0005M TCEP, 10-12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→47.83 Å / Num. obs: 24188 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 87.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.125 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 2.91→3.09 Å / 冗長度: 18.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3846 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.45 / Rrim(I) all: 1.972 / Rsym value: 1.916 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874+SVN精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KGP

6kgp


解像度: 2.91→47.83 Å / SU ML: 0.4682 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 28.5999
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 1263 5.23 %
Rwork0.2087 22908 -
obs0.2114 24171 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→47.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5069 0 108 0 5177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01015285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33647169
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0692800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0109970
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6821991
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-3.030.36351240.32542517X-RAY DIFFRACTION99.62
3.03-3.160.3211460.28972468X-RAY DIFFRACTION99.54
3.16-3.330.33491390.2662494X-RAY DIFFRACTION99.81
3.33-3.540.32611350.262507X-RAY DIFFRACTION99.7
3.54-3.810.30291370.23032516X-RAY DIFFRACTION99.7
3.81-4.20.26141410.20382535X-RAY DIFFRACTION99.85
4.2-4.80.22281590.18142532X-RAY DIFFRACTION99.96
4.8-6.050.24091540.19772575X-RAY DIFFRACTION100
6.05-47.830.22081280.18042764X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13469899475-0.973933093433-0.398750693082.928401770870.3795557646520.9746006923630.006631993497080.230341910887-0.1008519262970.3288260572510.109953221744-0.2407344892490.098891364760.2939663517-0.1130749717480.790313144588-0.1795660328750.1492986047480.796640721099-0.3047954496830.68223196828944.593801598737.6630107101-21.7881366674
2-0.30864645758-0.533092581493-0.4343516801372.059920869643.418529520165.13158703912-0.102287307783-0.01742613554980.0638778000612-0.1186191017490.39689987695-0.4499992869-0.6564105584520.690799247153-0.245405217481.19488487084-0.2835430090470.09971362691571.00563045091-0.3186534099910.93364870705234.548768512673.719980676618.3177906245
31.8590074671-0.330759537865-0.112453909412.225311082130.660226689362.319150375750.1405035876340.0435617822447-0.1258356997510.0618983373929-0.0863125622180.220478543786-0.0275058247594-0.335566914543-0.0612519885510.729367683148-0.2244913967120.2824814143010.733952391518-0.2366376006540.76102122294923.988761094844.3709375139-16.4699556275
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 172 through 371 )172 - 3711 - 200
22chain 'A' and (resid 372 through 579 )372 - 579201 - 401
33chain 'A' and (resid 580 through 832 )580 - 832402 - 647

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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