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万見
- PDB-7vlh: Crystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound MI2219 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vlh
タイトルCrystal structure of Zika NS2B-NS3 protease with compound MI2219
要素
  • NS3 protease
  • Serine protease subunit NS2B
キーワードVIRAL PROTEIN / NS3 Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity ...symbiont-mediated suppression of host interferon-mediated signaling pathway / flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / protein-macromolecule adaptor activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / molecular adaptor activity / host cell cytoplasm / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / lipid binding / virion attachment to host cell / GTP binding / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7Q3 / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.621 Å
データ登録者Quek, J.P.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF2016NRF-CRP001-063 シンガポール
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Structure-Based Optimization and Characterization of Macrocyclic Zika Virus NS2B-NS3 Protease Inhibitors.
著者: Huber, S. / Braun, N.J. / Schmacke, L.C. / Quek, J.P. / Murra, R. / Bender, D. / Hildt, E. / Luo, D. / Heine, A. / Steinmetzer, T.
履歴
登録2021年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine protease subunit NS2B
B: NS3 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5974
ポリマ－24,9032
非ポリマー6942
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area8530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.992, 40.992, 214.435
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Serine protease subunit NS2B / NS2B cofactor


分子量: 5865.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q32ZE1, flavivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 NS3 protease


分子量: 19037.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zika virus (strain Mr 766) (ジカ熱ウイルス)
株: Mr 766 / 遺伝子: GP1, A2G93_63394gpGP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A142IX72
#3: 化合物 ChemComp-7Q3 / 1-[(3~{S},6~{R},18~{R})-3,6-bis(4-azanylbutyl)-2,5,8,11,14,17-hexakis(oxidanylidene)-1,4,7,10,13,16-hexazacyclodocos-18-yl]guanidine


分子量: 597.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H47N11O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.99 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953726 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→40.26 Å / Num. obs: 6110 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.55
反射 シェル解像度: 2.62→2.715 Å / 冗長度: 12.1 % / Num. unique obs: 580 / CC1/2: 0.947 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GPI

5gpi


解像度: 2.621→40.26 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 32.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2891 305 5.01 %
Rwork0.2387 5784 -
obs-6087 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 110.18 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.621→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1339 0 93 3 1435
Biso mean--83.33 61.52 -
残基数----191
LS精密化 シェル解像度: 2.621→3.715 Å / Rfactor Rfree: 0.3619 / Rfactor Rwork: 0.3474 / Rfactor Rfree error: 0
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.37123.73282.40335.35422.43945.5826-0.3611-0.0347-0.0287-0.75540.08340.4049-0.4009-1.37330.09730.6127-0.1111-0.02330.77480.0250.4378-25.10059.1803-17.8451
25.51011.7867-0.01428.3284-7.16316.6194-0.1347-0.25361.66710.0843-0.02-0.03941.79931.31780.22920.8839-0.2128-0.06660.8345-0.11490.4188-22.0691-5.6444-31.9606
35.6927-2.87675.51397.3049-1.5145.75350.04182.00860.5021-2.10310.9691-1.707-1.37111.0212-0.59831.0183-0.2460.28151.281-0.17360.6717-6.1334-7.7118-26.9836
48.9997-3.9445-5.81997.82021.62154.0053-0.6943-0.98720.70760.52281.0545-0.53221.56860.064-0.84820.6495-0.0175-0.14780.8036-0.0560.6209-2.7352-5.8001-7.2183
53.79213.2478-1.7079.6957-3.97252.38710.1060.270.15040.44890.13210.23240.0868-0.2485-0.15960.5645-0.0544-0.01330.6708-0.02420.3622-21.71886.997-14.3517
62.0793-0.44620.44023.55190.23296.8617-0.3655-1.24421.43950.70390.40750.2699-1.0073-1.10010.07430.8582-0.03290.13220.7453-0.12460.7404-26.533110.8686-7.5499
72.9859-0.81890.26091.02120.45673.7907-0.1872-0.0981-0.04430.09810.1670.00810.3571-0.0498-0.00230.4095-0.1207-0.04050.4573-0.01220.4084-19.2142-3.1699-14.6088
85.5828-4.22222.64717.0168-3.98163.7584-0.6779-0.89320.7517-0.0550.3007-1.80950.0889-0.9760.20060.5117-0.1459-0.08040.6063-0.0730.5532-10.0692-8.5037-22.9093
96.3414-0.78152.11367.63951.21642.548-0.3123-0.6824-0.42760.84540.18010.08180.1910.85550.17570.3879-0.12780.06240.6199-0.00180.264-10.4335-3.1602-18.2215
106.69450.67562.6563.51050.83651.51710.16491.0747-0.43830.20160.0714-0.20650.02590.2366-0.24330.6153-0.09280.07660.6833-0.05460.4303-11.4881-4.5509-19.5569
119.29033.89282.84522.834-1.0987.82741.2347-1.7054-0.47841.4929-0.45381.30820.9624-0.7526-1.00480.4994-0.15010.04910.7526-0.03470.6524-17.2464-8.135-12.1123
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 50 through 59 )A50 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 60 through 64 )A60 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 74 )A65 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 75 through 87 )A75 - 87
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 18 through 53 )B18 - 53
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 54 through 66 )B54 - 66
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 67 through 106 )B67 - 106
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 107 through 118 )B107 - 118
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 119 through 139 )B119 - 139
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 140 through 163 )B140 - 163
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 164 through 170 )B164 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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