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- PDB-7o2m: Crystal Structure of Unlinked NS2B-NS3 Protease from Zika Virus i... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7o2m | ||||||
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Title | Crystal Structure of Unlinked NS2B-NS3 Protease from Zika Virus in Complex with Inhibitor MI-2289 | ||||||
![]() | (Genome polyprotein) x 2 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / FLAVIVIRIN / SERINE PROTEASE / NS2B-NS3 / ZIKA VIRUS | ||||||
Function / homology | ![]() symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huber, S. / Heine, A. / Steinmetzer, T. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-Based Optimization and Characterization of Macrocyclic Zika Virus NS2B-NS3 Protease Inhibitors. Authors: Huber, S. / Braun, N.J. / Schmacke, L.C. / Quek, J.P. / Murra, R. / Bender, D. / Hildt, E. / Luo, D. / Heine, A. / Steinmetzer, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 146.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 95.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 892.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 14.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7o55C ![]() 7obvC ![]() 7oc2C ![]() 7pfqC ![]() 7pfyC ![]() 7pfzC ![]() 7pg1C ![]() 7pgcC ![]() 7vlgC ![]() 7vlhC ![]() 7vliC ![]() 5gpiS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 5865.384 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 19037.592 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-UZZ / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.53 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1 M sodium acetate 0.2 M ammonium sulfate 18 % PEG2000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 2M / Detector: PIXEL / Date: Oct 17, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→43.22 Å / Num. obs: 15560 / % possible obs: 94.1 % / Redundancy: 7.92 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 14.32 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2.01 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 2250 / CC1/2: 0.93 / Rsym value: 0.44 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5GPI Resolution: 1.9→39.37 Å / SU ML: 0.2277 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 26.0539 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 42.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→39.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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