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- PDB-7vkh: Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with hit 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7vkh
タイトルCrystal structure of AF9 YEATS domain in complex with hit 2
要素Protein AF-9
キーワードTRANSCRIPTION / complex / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation ...modification-dependent protein binding / histone H3K9ac reader activity / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / segment specification / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / anterior/posterior pattern specification / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / : / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation factor complex / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / chromosome / histone binding / molecular adaptor activity / gene expression / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7IY / Protein AF-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Liu, Y. / Ruan, K.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Fragment-Based Discovery of AF9 YEATS Domain Inhibitors.
著者: Liu, Y. / Jin, R. / Lu, H. / Bian, K. / Wang, R. / Wang, L. / Gao, R. / Zhang, J. / Wu, J. / Yao, X. / Liu, X. / Liu, D. / Wang, X. / Zhang, Z. / Ruan, K.
履歴
登録2021年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
B: Protein AF-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3637
ポリマ－32,6582
非ポリマー7065
水63135
1
A: Protein AF-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6363
ポリマ－16,3291
非ポリマー3072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8040 Å2
手法PISA
2
B: Protein AF-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7284
ポリマ－16,3291
非ポリマー3993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.652, 41.426, 59.725
Angle α, β, γ (deg.)102.000, 90.870, 90.360
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 16328.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42568
#2: 化合物 ChemComp-7IY / ~{N}-(3-azanyl-4-chloranyl-phenyl)-2-methoxy-ethanamide


分子量: 214.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11ClN2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris, 20% w/v PEGMME 2000, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 13767 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 28.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.26
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / Rmerge(I) obs: 0.381 / Num. unique obs: 13767

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TMP

4tmp


解像度: 2.25→31.65 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2445 703 5.11 %
Rwork0.2061 13064 -
obs0.2081 13767 97.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 60.98 Å2 / Biso mean: 28.2108 Å2 / Biso min: 15.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→31.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2230 0 46 35 2311
Biso mean--35.8 26.91 -
残基数----269
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.420.28881280.22842531265994
2.42-2.660.29971450.23992600274597
2.66-3.050.28051370.22442646278398
3.05-3.840.24671530.20512631278498
3.84-31.650.19771400.18212656279699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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