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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7v2x | ||||||
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タイトル | The complex structure of soBcmB and its substrate 1 | ||||||
要素 | dioxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / dioxygenases / complex / bicyclomycin / side way | ||||||
機能・相同性 | Chem-7QX / 2-OXOGLUTARIC ACID / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces ossamyceticus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.0838742992 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, L. / Zhou, J.H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of SoBcmB and its side way substrate 著者: Wu, L. / Zhou, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7v2x.cif.gz | 157.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7v2x.ent.gz | 103.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7v2x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7v2x_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7v2x_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7v2x_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7v2x_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/7v2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/7v2x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7v2tS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37291.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces ossamyceticus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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-非ポリマー , 5種, 101分子
#2: 化合物 | ChemComp-AKG / |
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#3: 化合物 | ChemComp-FE2 / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 化合物 | ChemComp-7QX / ( |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 2 M Ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97852 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→47.1302 Å / Num. obs: 23036 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 31.1 % / Biso Wilson estimate: 38.4256802628 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 26.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 1.633 / Num. unique obs: 1769 / CC1/2: 0.863 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7V2T 解像度: 2.0838742992→47.1301780368 Å / SU ML: 0.223371226136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33794794639 / 位相誤差: 23.9224531452 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.8541370872 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.0838742992→47.1301780368 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 38.7756278357 Å / Origin y: 48.414842226 Å / Origin z: 72.8572824569 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |