+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ukv | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Wild type EGFR in complex with Lazertinib (YH25448) | |||||||||||||||
要素 | Epidermal growth factor receptor | |||||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE/INHIBITOR / Cancer / Drug Discovery / Kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Beyett, T.S. / Pham, C. / Eck, M.J. / Heppner, D.E. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022 タイトル: Structural Basis for Inhibition of Mutant EGFR with Lazertinib (YH25448). 著者: Heppner, D.E. / Wittlinger, F. / Beyett, T.S. / Shaurova, T. / Urul, D.A. / Buckley, B. / Pham, C.D. / Schaeffner, I.K. / Yang, B. / Ogboo, B.C. / May, E.W. / Schaefer, E.M. / Eck, M.J. / ...著者: Heppner, D.E. / Wittlinger, F. / Beyett, T.S. / Shaurova, T. / Urul, D.A. / Buckley, B. / Pham, C.D. / Schaeffner, I.K. / Yang, B. / Ogboo, B.C. / May, E.W. / Schaefer, E.M. / Eck, M.J. / Laufer, S.A. / Hershberger, P.A. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ukv.cif.gz | 76.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7ukv.ent.gz | 53.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ukv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/7ukv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uk/7ukv | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7ukwC 6vh4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37391.211 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ZRT / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.0 M Sodium Citrate, 0.1 M MES pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97911 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→59.48 Å / Num. obs: 19853 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 58.97 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 103918 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6VH4 解像度: 2.4→59.48 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.72 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 129.73 Å2 / Biso mean: 66.2994 Å2 / Biso min: 36.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→59.48 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
|