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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ugg | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TRPV3 in complex with the anesthetic dyclonine | ||||||||||||||||||
要素 | Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 | ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Transient Receptor Potential V Family Member 3 / TRP / channel / closed / TRPV3 / anesthetic / dyclonine | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of hair cycle / TRP channels / osmosensory signaling pathway / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / actin filament organization / calcium channel activity / cilium ...negative regulation of hair cycle / TRP channels / osmosensory signaling pathway / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / monoatomic cation channel activity / actin filament organization / calcium channel activity / cilium / monoatomic ion channel activity / receptor complex / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Neuberger, A. / Nadezhdin, K.D. / Sobolevsky, A.I. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural mechanism of TRPV3 channel inhibition by the anesthetic dyclonine. 著者: Arthur Neuberger / Kirill D Nadezhdin / Alexander I Sobolevsky / 要旨: Skin diseases are common human illnesses that occur in all cultures, at all ages, and affect between 30% and 70% of individuals globally. TRPV3 is a cation-permeable TRP channel predominantly ...Skin diseases are common human illnesses that occur in all cultures, at all ages, and affect between 30% and 70% of individuals globally. TRPV3 is a cation-permeable TRP channel predominantly expressed in skin keratinocytes, implicated in cutaneous sensation and associated with numerous skin diseases. TRPV3 is inhibited by the local anesthetic dyclonine, traditionally used for topical applications to relieve pain and itch. However, the structural basis of TRPV3 inhibition by dyclonine has remained elusive. Here we present a cryo-EM structure of a TRPV3-dyclonine complex that reveals binding of the inhibitor in the portals which connect the membrane environment surrounding the channel to the central cavity of the channel pore. We propose a mechanism of TRPV3 inhibition in which dyclonine molecules stick out into the channel pore, creating a barrier for ion conductance. The allosteric binding site of dyclonine can serve as a template for the design of new TRPV3-targeting drugs. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ugg.cif.gz | 477.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ugg.ent.gz | 397.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ugg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ugg_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ugg_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ugg_validation.xml.gz | 91.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ugg_validation.cif.gz | 124.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ugg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ug/7ugg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26488MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 92573.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trpv3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8K424 #2: 化合物 | ChemComp-POV / ( #3: 化合物 | ChemComp-N8R / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: sample 1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.09247 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Human embryonic kidney 293 / プラスミド: pEG BacMam | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 2.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: mouse TRPV3 in circularized NW30 nanodiscs (cNW30) with soybean lipids | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6856 |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4413740 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87876 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7MIJ Accession code: 7MIJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model |