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- PDB-7ug5: Second bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ug5
タイトルSecond bromodomain of BRD3 liganded with BMS-536924
要素Bromodomain-containing protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / bromodomain / small molecule ligand / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / : / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / histone binding ...histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / : / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N6I / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Schonbrunn, E. / Bikowitz, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of CBP and EP300 interaction with kinase inhibitors
著者: Schonbrunn, E. / Bikowitz, M.
履歴
登録2022年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 3
B: Bromodomain-containing protein 3
C: Bromodomain-containing protein 3
D: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,31022
ポリマ－52,3574
非ポリマー1,95318
水10,377576
1
A: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6934
ポリマ－13,0891
非ポリマー6043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9418
ポリマ－13,0891
非ポリマー8527
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3375
ポリマ－13,0891
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3375
ポリマ－13,0891
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.590, 92.280, 64.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.420, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-717-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 13089.126 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059
#2: 化合物 ChemComp-N6I / (3M)-4-{[(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-hydroxyethyl]amino}-3-[4-methyl-6-(morpholin-4-yl)-1H-benzimidazol-2-yl]pyridin-2(1H)-one / BMS-536924


分子量: 479.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C25H26ClN5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.41 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03319 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.8 Å / Num. obs: 56001 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4129 / CC1/2: 0.677 / Rrim(I) all: 0.887 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7L9L

7l9l


解像度: 1.8→19.8 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 1121 2 %
Rwork0.1878 54879 -
obs0.1886 56000 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.22 Å2 / Biso mean: 26.0203 Å2 / Biso min: 11.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3616 0 132 578 4326
Biso mean--39.07 33.59 -
残基数----442
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.880.38571400.31976818695899
1.88-1.980.25861390.256268366975100
1.98-2.10.25441400.219368316971100
2.1-2.270.23181390.198368316970100
2.27-2.490.24521400.188968827022100
2.49-2.850.22671400.179868286968100
2.86-3.590.21181410.16968977038100
3.59-19.80.18561420.164669567098100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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