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万見
- PDB-7u9u: Crystal structure of human D-amino acid oxidase in complex with i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u9u
タイトルCrystal structure of human D-amino acid oxidase in complex with inhibitor
要素D-amino-acid oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / FAD / Flavoprotein / Oxidoreductase / Peroxisome / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone ...D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / Peroxisomal protein import / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino-acid oxidase / D-amino acid oxidases signature. / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-M89 / D-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Skene, R.J. / Bell, J.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of a Novel Class of d-Amino Acid Oxidase Inhibitors Using the Schrodinger Computational Platform.
著者: Tang, H. / Jensen, K. / Houang, E. / McRobb, F.M. / Bhat, S. / Svensson, M. / Bochevarov, A. / Day, T. / Dahlgren, M.K. / Bell, J.A. / Frye, L. / Skene, R.J. / Lewis, J.H. / Osborne, J.D. / ...著者: Tang, H. / Jensen, K. / Houang, E. / McRobb, F.M. / Bhat, S. / Svensson, M. / Bochevarov, A. / Day, T. / Dahlgren, M.K. / Bell, J.A. / Frye, L. / Skene, R.J. / Lewis, J.H. / Osborne, J.D. / Tierney, J.P. / Gordon, J.A. / Palomero, M.A. / Gallati, C. / Chapman, R.S.L. / Jones, D.R. / Hirst, K.L. / Sephton, M. / Chauhan, A. / Sharpe, A. / Tardia, P. / Dechaux, E.A. / Taylor, A. / Waddell, R.D. / Valentine, A. / Janssens, H.B. / Aziz, O. / Bloomfield, D.E. / Ladha, S. / Fraser, I.J. / Ellard, J.M.
履歴
登録2022年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0226
ポリマ－79,0422
非ポリマー1,9814
水3,855214
1
A: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子

A: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8576
ポリマ－79,0422
非ポリマー1,8154
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area27050 Å2
手法PISA
2
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子

B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1886
ポリマ－79,0422
非ポリマー2,1464
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.806, 73.403, 79.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 D-amino-acid oxidase / DAAO / DAMOX / DAO


分子量: 39520.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAO, DAMOX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14920, D-amino-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#4: 化合物 ChemComp-M89 / (3R)-3-(5,6-dioxo-1,4,5,6-tetrahydropyrazin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzoxathiine-7-carbonitrile


分子量: 287.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C13H9N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.94 % / Mosaicity: 0.15 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1M Succinate pH 7.0, 0.1M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→49.45 Å / Num. obs: 85786 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 559017 / Scaling rejects: 3
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 2.074 / Num. unique obs: 4218 / CC1/2: 0.315 / Rpim(I) all: 0.868 / Rrim(I) all: 2.253 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
PRIME-X精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DU8

2du8


解像度: 1.66→40.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 4361 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs-85711 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / Bsol: 52.35 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 111.76 Å2 / Biso mean: 39.3 Å2 / Biso min: 17.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→40.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5460 0 135 214 5809
拘束条件タイプ: OPLS 2005X
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 436 5.1 %
Rwork0.386 8571 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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