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- PDB-7u98: EGFR(T790M/V948R) in complex with a macrocyclic inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u98
タイトルEGFR(T790M/V948R) in complex with a macrocyclic inhibitor
要素Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / EGFR / kinase / macrocycle / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / aerobic respiration / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M1O / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Beyett, T.S. / Eck, M.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5F32CA247198-02 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA116020-15 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Macrocyclization of Quinazoline-Based EGFR Inhibitors Leads to Exclusive Mutant Selectivity for EGFR L858R and Del19.
著者: Amrhein, J.A. / Beyett, T.S. / Feng, W.W. / Kramer, A. / Weckesser, J. / Schaeffner, I.K. / Rana, J.K. / Janne, P.A. / Eck, M.J. / Knapp, S. / Hanke, T.
履歴
登録2022年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年12月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
B: Epidermal growth factor receptor
C: Epidermal growth factor receptor
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,6988
ポリマ－150,8984
非ポリマー1,7994
水00
1
A: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1742
ポリマ－37,7251
非ポリマー4501
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1742
ポリマ－37,7251
非ポリマー4501
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1742
ポリマ－37,7251
非ポリマー4501
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1742
ポリマ－37,7251
非ポリマー4501
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.353, 100.923, 88.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 702 through 859 or resid 877...
21(chain B and (resid 702 through 748 or resid 755...
31(chain C and (resid 702 through 859 or resid 877...
41(chain D and (resid 702 through 859 or resid 877...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAALAALA(chain A and (resid 702 through 859 or resid 877...AA702 - 85911 - 168
12PROPROLEULEU(chain A and (resid 702 through 859 or resid 877...AA877 - 907186 - 216
13THRTHRGLUGLU(chain A and (resid 702 through 859 or resid 877...AA909 - 1005218 - 314
14M1OM1OM1OM1O(chain A and (resid 702 through 859 or resid 877...AE1101
21ALAALAARGARG(chain B and (resid 702 through 748 or resid 755...BB702 - 74811 - 57
22ALAALAALAALA(chain B and (resid 702 through 748 or resid 755...BB755 - 85964 - 168
23PROPROLEULEU(chain B and (resid 702 through 748 or resid 755...BB877 - 907186 - 216
24THRTHRM1OM1O(chain B and (resid 702 through 748 or resid 755...BB - F909 - 1101218
31ALAALAALAALA(chain C and (resid 702 through 859 or resid 877...CC702 - 85911 - 168
32PROPROLEULEU(chain C and (resid 702 through 859 or resid 877...CC877 - 907186 - 216
33THRTHRGLUGLU(chain C and (resid 702 through 859 or resid 877...CC909 - 1005218 - 314
34M1OM1OM1OM1O(chain C and (resid 702 through 859 or resid 877...CG1101
41ALAALAALAALA(chain D and (resid 702 through 859 or resid 877...DD702 - 85911 - 168
42PROPROLEULEU(chain D and (resid 702 through 859 or resid 877...DD877 - 907186 - 216
43THRTHRGLUGLU(chain D and (resid 702 through 859 or resid 877...DD909 - 1005218 - 314
44M1OM1OM1OM1O(chain D and (resid 702 through 859 or resid 877...DH1101

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要素

#1: タンパク質
Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 37724.598 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain, residues 695-1022 / 変異: T790M, V948R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 / プラスミド: pTriEX / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-M1O / 19-chloro-18-fluoro-22-methoxy-8,9,11,12,14,15-hexahydro-21H-4,6-ethenopyrimido[5,4-m][1,4,7,10,15]benzotetraoxazacycloheptadecine


分子量: 449.860 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21ClFN3O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶Mosaicity: 0.444 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 30% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月23日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.41→86.32 Å / Num. obs: 16531 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 82.79 Å2 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 55699
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.2 %

解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.41-3.470.824237480.3610.67690.1
9.26-86.3517.327748630.0430.0898.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DUK

6duk


解像度: 3.42→86.32 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2441 804 4.89 %
Rwork0.2147 15637 -
obs0.2162 16441 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 167.26 Å2 / Biso mean: 79.6886 Å2 / Biso min: 36.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.42→86.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9303 0 124 0 9427
Biso mean--73.35 --
残基数----1151
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4208X-RAY DIFFRACTION13.798TORSIONAL
12B4208X-RAY DIFFRACTION13.798TORSIONAL
13C4208X-RAY DIFFRACTION13.798TORSIONAL
14D4208X-RAY DIFFRACTION13.798TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.42-3.630.31941250.27962556268197
3.63-3.910.2941250.25932605273099
3.91-4.30.24731540.19612598275299
4.3-4.930.22191270.18492580270797
4.93-6.210.25221350.21012643277899
6.21-86.320.20691380.20722655279398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.460.2339-0.97021.6402-0.24253.68940.05640.01-0.2347-0.0503-0.02520.18170.135-0.1120.00740.35820.0162-0.05230.46380.07080.4842-1.496917.159741.2872
21.4340.46350.53582.3014-0.6425.63670.1687-0.17980.25670.0996-0.04520.0154-0.2171-0.227-0.10490.3373-0.03690.06050.48240.01690.5137-2.445726.540980.4959
32.8793-0.15992.31442.5355-1.47556.6146-0.0111-0.2595-0.02410.35550.18330.2103-0.6743-0.2901-0.13470.4994-0.04830.10940.51880.0620.5232-37.161725.720880.6405
42.42070.2177-1.75242.6960.52919.43530.04730.0178-0.0230.03840.21430.0510.33090.1171-0.27110.3314-0.0219-0.05760.573-0.00250.5514-38.12814.914341.289
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 701 through 1007)A701 - 1007
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 701 through 1101)B701 - 1101
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 702 through 1007)C702 - 1007
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 701 through 1007)D701 - 1007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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