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万見
- PDB-7u2u: CRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED WITH Compound-2a A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7u2u
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE COMPLEXED WITH Compound-2a AKA (2S)-2-(TERT-BUTOXY)-2-[7-(4,4-DIMETHYLPIPE RIDIN-1-YL)-8-{4-[2-(4-FLUOROPHENYL)ETHOXY]PHENYL}-2,5-DIM ETHYLIMIDAZO[1,2-A]PYRIDIN-6-YL]ACETIC ACID
要素Integrase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / viral protein / INTEGRASE
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core ...Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KZD / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.839 Å
データ登録者Khan, J.A. / lewis, H. / Kish, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Scaffold modifications to the 4-(4,4-dimethylpiperidinyl) 2,6-dimethylpyridinyl class of HIV-1 allosteric integrase inhibitors.
著者: Parcella, K. / Patel, M. / Tu, Y. / Eastman, K. / Peese, K. / Gillis, E. / Belema, M. / Dicker, I.B. / McAuliffe, B. / Ding, B. / Falk, P. / Simmermacher, J. / Parker, D.D. / Sivaprakasam, P. ...著者: Parcella, K. / Patel, M. / Tu, Y. / Eastman, K. / Peese, K. / Gillis, E. / Belema, M. / Dicker, I.B. / McAuliffe, B. / Ding, B. / Falk, P. / Simmermacher, J. / Parker, D.D. / Sivaprakasam, P. / Khan, J.A. / Kish, K. / Lewis, H. / Hanumegowda, U. / Jenkins, S. / Kadow, J.F. / Krystal, M. / Meanwell, N.A. / Naidu, B.N.
履歴
登録2022年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / reflns_shell
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_high / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5755
ポリマ－19,6851
非ポリマー8904
水91951
1
A: Integrase
ヘテロ分子

A: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,15010
ポリマ－39,3712
非ポリマー1,7808
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area4250 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area12230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.421, 71.421, 67.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 19685.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76353
#2: 化合物 ChemComp-KZD / (2S)-tert-butoxy[(4S)-7-(4,4-dimethylpiperidin-1-yl)-8-{4-[2-(4-fluorophenyl)ethoxy]phenyl}-2,5-dimethylimidazo[1,2-a]pyridin-6-yl]acetic acid


分子量: 601.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H44FN3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2-0.18M Ammonium Sulfate, 100mM Na acetate pH 4.6-5.0
PH範囲: 6.0?

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.839→61.85 Å / Num. obs: 17638 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 38.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 21.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (17-DEC-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UM8

6um8


解像度: 1.839→45.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU R Cruickshank DPI: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.113 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.099
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2108 849 4.82 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
obs0.2033 17614 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 89.42 Å2 / Biso mean: 39.88 Å2 / Biso min: 25.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0727 Å20 Å20 Å2
2---2.0727 Å20 Å2
3---4.1454 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.839→45.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1054 0 59 51 1164
Biso mean--46.34 49.95 -
残基数----140
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d368SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes218HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1134HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion152SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact902SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1134HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1551HARMONIC20.84
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.99
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.27
LS精密化 シェル解像度: 1.839→1.85 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2062 23 5.48 %
Rwork0.2064 397 -
all0.2064 420 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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