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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7u0y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pepper RNA aptamer in complex with HBC599 ligand and Fab BL3-6 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/RNA / fluorogenic RNA / antibody / RNA / IMMUNE SYSTEM-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | Chem-KY6 / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å | ||||||
データ登録者 | Rees, H.C. / Piccirilli, J.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022 タイトル: Structural Basis for Fluorescence Activation by Pepper RNA. 著者: Rees, H.C. / Gogacz, W. / Li, N.S. / Koirala, D. / Piccirilli, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7u0y.cif.gz | 234.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7u0y.ent.gz | 178.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7u0y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7u0y_validation.pdf.gz | 680.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7u0y_full_validation.pdf.gz | 688.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7u0y_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7u0y_validation.cif.gz | 31.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u0/7u0y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7szuC 4kzdS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 R
#3: RNA鎖 | 分子量: 21734.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-抗体 , 2種, 2分子 HL
#1: 抗体 | 分子量: 23662.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23105.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-非ポリマー , 3種, 160分子
#4: 化合物 | ChemComp-KY6 / | ||
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#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5, 45% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月22日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.66→80.61 Å / Num. obs: 25179 / % possible obs: 96.79 % / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 84.72 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 15.61 |
反射 シェル | 解像度: 2.66→2.79 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2793 / CC1/2: 0.75 / Rpim(I) all: 0.447 / Rrim(I) all: 0.643 / % possible all: 82.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KZD 解像度: 2.66→58.67 Å / SU ML: 0.4449 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.8664 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 81.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.66→58.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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