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万見
- PDB-7tyu: TEAD2 bound to Compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tyu
タイトルTEAD2 bound to Compound 2
要素Transcriptional enhancer factor TEF-4
キーワードTRANSCRIPTION / Small molecule PPI inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis ...TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell differentiation / Formation of axial mesoderm / embryonic heart tube morphogenesis / vasculogenesis / embryonic organ development / cellular response to retinoic acid / neural tube closure / transcription coactivator binding / disordered domain specific binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / protein-containing complex assembly / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / YAP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KTF / Transcriptional enhancer factor TEF-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Noland, C.L. / Fong, R.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel mechanism of YAP-TEAD inhibition results in targeted chromatin remodeling and reveals an expanded Hippo dependent landscape in cancers
著者: Hagenbeek, T.J. / Zbieg, J.R. / Noland, C.L. / Yao, X. / Schmidt, S. / Clausen, S. / Steffek, M. / Lee, W. / Beroza, P. / Martin, S. / Lin, E. / Fong, R. / Di Lello, P. / Kubala, M.H. / ...著者: Hagenbeek, T.J. / Zbieg, J.R. / Noland, C.L. / Yao, X. / Schmidt, S. / Clausen, S. / Steffek, M. / Lee, W. / Beroza, P. / Martin, S. / Lin, E. / Fong, R. / Di Lello, P. / Kubala, M.H. / Lacap, J.A. / Yang, M.N.Y. / Maddalo, D. / Lau, J.T. / An, L. / Levy, E. / Lorenzo, M.N. / Lee, H.J. / Pham, T.H. / Modrusan, Z. / Zang, R. / Chen, Y.C. / Li, J. / Hafner, M. / Chang, M.T. / Crawford, J.J. / Dey, A.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5555
ポリマ－52,6022
非ポリマー9533
水1,54986
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8383
ポリマ－26,3011
非ポリマー5382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7162
ポリマ－26,3011
非ポリマー4151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.270, 61.526, 79.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.759, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2


分子量: 26300.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物 ChemComp-KTF / (3R)-1-[(8S)-5-(4-cyclohexylphenyl)-7-oxo-4,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonyl]pyrrolidine-3-carbonitrile


分子量: 415.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H25N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Na/K Tartrate, 0.1 M Bis Tris pH 6.5, 35% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→53.835 Å / Num. obs: 31238 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 37.55 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.784→1.986 Å / Num. unique obs: 1536 / CC1/2: 0.783

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc5_3822精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EMV

5emv


解像度: 1.78→33.35 Å / SU ML: 0.229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.5516
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2302 1561 5 %
Rwork0.1969 29672 -
obs0.1986 31233 62.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→33.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3213 0 70 86 3369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313433
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69414667
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0438504
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.61681292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.78-1.840.512160.435390X-RAY DIFFRACTION2.14
1.84-1.90.2965180.335340X-RAY DIFFRACTION8.18
1.9-1.980.3547590.2658912X-RAY DIFFRACTION21.24
1.98-2.070.2645860.27421703X-RAY DIFFRACTION40.16
2.07-2.180.28251420.26892563X-RAY DIFFRACTION59.94
2.18-2.310.26911640.25473193X-RAY DIFFRACTION74.83
2.31-2.490.28292130.26143890X-RAY DIFFRACTION90.85
2.49-2.740.28032140.26194253X-RAY DIFFRACTION98.37
2.74-3.140.27562090.23124233X-RAY DIFFRACTION98.01
3.14-3.950.25312050.17464231X-RAY DIFFRACTION97.84
3.95-33.350.16972450.15474264X-RAY DIFFRACTION96.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3599957049810.466313182547-0.9432626783143.01529920548-0.3312931476012.744630333430.255178439783-0.852440153094-0.9490857883940.1920502235630.102090213783-0.2156954720940.859052306352-0.5737513367660.03949809069230.318837901147-0.0717033238285-0.04123579882320.3966301164550.04818796213040.264589014739-34.260790481-15.207536571325.099954399
20.1664104964070.08585739054850.1423738113960.4803265009220.2956685285660.474613162217-0.06923358226751.25722308354-0.00482792047628-1.544856476630.71575958265-0.766986124821-0.1457820297610.904479419220.01727398507820.76272229087-0.01019668936770.05694512477761.015728033720.04404888490040.606219128937-14.6392987525-8.6688668036312.1807216723
31.27870081418-1.24931093034-1.058569504761.591111982390.03545244078953.01340384772-0.2734750812070.06364085472510.255155856062-0.6207480293550.148416086889-0.427316752185-0.05673804576130.542480836935-0.00918725861440.282334366099-0.011789373755-0.05733412115870.223827496715-0.03590923941960.35210147472-22.0983172777-10.481722858917.9231661061
42.720475344590.03934217913251.570154298221.876655185360.6829776128241.19506060373-0.0881053149325-0.4627153504460.1021991498120.0831512215228-0.0234088754452-0.292310465945-0.240175557492-0.5234029018376.79779444554E-50.2758355678280.0425758165879-0.02104441498160.346007472195-0.04623344612010.281915753721-30.4985014594-4.0879157432427.8869119226
52.73173631373-0.09570731485930.09125781349032.275881725510.3297552412474.173394881410.07699031115960.193632512695-0.184763229007-0.209835551230.122950602081-0.1683243316670.341432920191-0.06431963154390.003691852332550.273127772740.007604778650650.01562236304270.120995369608-0.004494433749190.246926552031-27.9404645616-11.327513082913.9646538116
61.43043504772-0.112635145133-1.76645382722.71576889139-1.107647154013.107286068070.1725776619120.09713847625740.0958274137791-0.1846865458740.08977853006120.333417981281-0.04638722280410.03204824233681.47164271112E-50.3820271620820.04512050867410.007232251079730.416146715836-0.02659163356870.373606936374-35.934891424821.883768459620.9223405224
71.849747289020.697981044184-1.515024472022.34214073438-0.9775572305576.604624223530.0541903357945-0.3098356024080.18389350554-0.06877182123080.03737353560720.1271674906990.3220098610230.416558412987-0.007879511756550.238445368140.0855672771038-0.002673907306370.219811803160.002748725634720.300078046809-33.788308086718.062797635521.1204283452
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 220 through 266 )AA220 - 2661 - 47
22chain 'A' and (resid 267 through 284 )AA267 - 28448 - 65
33chain 'A' and (resid 285 through 325 )AA285 - 32566 - 91
44chain 'A' and (resid 326 through 380 )AA326 - 38092 - 151
55chain 'A' and (resid 381 through 446 )AA381 - 446152 - 220
66chain 'B' and (resid 222 through 284 )BD222 - 2841 - 47
77chain 'B' and (resid 285 through 446 )BD285 - 44648 - 197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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