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- PDB-7tuy: Cryo-EM structure of GSK682753A-bound EBI2/GPR183 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tuy
タイトルCryo-EM structure of GSK682753A-bound EBI2/GPR183
要素
  • G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion
  • anti-BRIL Fab Heavy chain
  • anti-BRIL Fab Light chain
  • anti-Fab Nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM / EBI2 / GPR183 / oxysterol / GPCR / signaling / immunity / immunocyte migration
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of astrocyte chemotaxis / B cell activation involved in immune response / dendritic cell homeostasis / T follicular helper cell differentiation / mature B cell differentiation involved in immune response / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / T cell chemotaxis / oxysterol binding / leukocyte chemotaxis / dendritic cell chemotaxis ...regulation of astrocyte chemotaxis / B cell activation involved in immune response / dendritic cell homeostasis / T follicular helper cell differentiation / mature B cell differentiation involved in immune response / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / T cell chemotaxis / oxysterol binding / leukocyte chemotaxis / dendritic cell chemotaxis / humoral immune response / positive regulation of B cell proliferation / osteoclast differentiation / G protein-coupled receptor activity / G alpha (i) signalling events / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KKF / G-protein coupled receptor 183
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Chen, H. / Huang, W. / Li, X.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01HL020948 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM135343 米国
Damon Runyon Cancer Research FoundationDRR-53S-19 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Structures of oxysterol sensor EBI2/GPR183, a key regulator of the immune response.
著者: Hongwen Chen / Weijiao Huang / Xiaochun Li /
要旨: Oxysterols induce the migration of B-lymphocytes and dendritic cells to interfollicular regions of lymphoid tissues through binding the EBI2 (GPR183) to stimulate effective adaptive immunity and ...Oxysterols induce the migration of B-lymphocytes and dendritic cells to interfollicular regions of lymphoid tissues through binding the EBI2 (GPR183) to stimulate effective adaptive immunity and antibody production during infection. Aberrant EBI2 signaling is implicated in inflammatory bowel disease, sclerosis, and infectious disease. Here, we report the cryo-EM structures of an EBI2-G signaling complex with its endogenous agonist 7α,25-OHC and that of an inactive EBI2 bound to the inverse agonist GSK682753A. These structures reveal an agonist binding site for the oxysterol and a potential ligand entrance site exposed to the lipid bilayer. Mutations within the oxysterol binding site and the Gα interface attenuate G protein signaling and abolish oxysterol-mediated cell migration indicating that G protein signaling directly involves in the oxysterol-EBI2 pathway. Together, these findings provide new insight into how EBI2 is activated by an oxysterol ligand and will facilitate the development of therapeutic approaches that target EBI2-linked diseases.
履歴
登録2022年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: anti-BRIL Fab Heavy chain
K: anti-Fab Nanobody
L: anti-BRIL Fab Light chain
R: G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,7205
ポリマ－117,2404
非ポリマー4801
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: 抗体 anti-BRIL Fab Heavy chain


分子量: 24321.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#2: 抗体 anti-Fab Nanobody


分子量: 15071.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 抗体 anti-BRIL Fab Light chain


分子量: 23483.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#4: タンパク質 G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusion / Epstein-Barr virus-induced G-protein coupled receptor 2 / EBI2 / EBV-induced G-protein coupled ...Epstein-Barr virus-induced G-protein coupled receptor 2 / EBI2 / EBV-induced G-protein coupled receptor 2 / hEBI2


分子量: 54364.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: GPR183, EBI2 / 細胞株 (発現宿主): HEK203S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32249
#5: 化合物 ChemComp-KKF / 8-[(2E)-3-(4-chlorophenyl)prop-2-enoyl]-3-[(3,4-dichlorophenyl)methyl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one


分子量: 479.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21Cl3N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1complex of GSK682753A-bound EBI2/GPR183-BRIL chimera with anti-BRIL Fab and anti-Fab nanobodyCOMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2anti-BRIL Fab Heavy chain, anti-BRIL Fab Light chainCOMPLEX#1, #31RECOMBINANT
3anti-Fab NanobodyCOMPLEX#21RECOMBINANT
4G-protein coupled receptor 183,Soluble cytochrome b562 fusionCOMPLEX#41RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23synthetic construct (人工物)32630
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
23Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
34Homo sapiens (ヒト)9606
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 222283 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0057315
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8019939
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.2874321
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.051135
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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