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- PDB-7tlg: Crystal Structure of small molecule beta-lactone 5 covalently bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tlg
タイトルCrystal Structure of small molecule beta-lactone 5 covalently bound to K-Ras(G12S)
要素GTPase KRas
キーワードONCOPROTEIN / Ras
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of epithelial cell differentiation / response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to isolation stress / type I pneumocyte differentiation / skeletal muscle cell differentiation ...negative regulation of epithelial cell differentiation / response to mineralocorticoid / GMP binding / forebrain astrocyte development / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / LRR domain binding / regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to isolation stress / type I pneumocyte differentiation / skeletal muscle cell differentiation / response to gravity / myoblast proliferation / Rac protein signal transduction / cardiac muscle cell proliferation / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / positive regulation of glial cell proliferation / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / homeostasis of number of cells within a tissue / RUNX3 regulates p14-ARF / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / glial cell proliferation / Signalling to RAS / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / positive regulation of Rac protein signal transduction / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / Signaling by FGFR4 in disease / striated muscle cell differentiation / Signaling by CSF3 (G-CSF) / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR2 in disease / Signaling by FLT3 fusion proteins / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / FLT3 Signaling / Signaling by FGFR1 in disease / EGFR Transactivation by Gastrin / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / liver development / Downstream signal transduction / GRB2 events in ERBB2 signaling / response to glucocorticoid / Insulin receptor signalling cascade / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / small monomeric GTPase / FCERI mediated MAPK activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / female pregnancy / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / visual learning / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / Signaling by ERBB2 ECD mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 KD Mutants / neuron apoptotic process / gene expression / cytokine-mediated signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / MAPK cascade / Negative regulation of MAPK pathway / RAS processing / Regulation of RAS by GAPs / positive regulation of cellular senescence / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / GDP binding
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-I7H / GTPase KRas
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.80000720583 Å
データ登録者Ziyang, Z. / Guiley, K.Z. / Shokat, K.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R01CA244550 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Chemical acylation of an acquired serine suppresses oncogenic signaling of K-Ras(G12S).
著者: Zhang, Z. / Guiley, K.Z. / Shokat, K.M.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02022年8月10日Group: Atomic model / カテゴリ: atom_site
改定 2.12022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase KRas
B: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7618
ポリマ－38,6732
非ポリマー2,0876
水6,161342
1
A: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3804
ポリマ－19,3371
非ポリマー1,0443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3804
ポリマ－19,3371
非ポリマー1,0443
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.550, 66.530, 60.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYSERSER(chain A and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...AA0 - 651 - 66
12ARGARGASPASP(chain A and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...AA68 - 6969 - 70
13TYRTYRTHRTHR(chain A and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...AA71 - 8772 - 88
14SERSERLYSLYS(chain A and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...AA89 - 11790 - 118
15ASPASPTHRTHR(chain A and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...AA119 - 127120 - 128
16ALAALALEULEU(chain A and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...AA130 - 133131 - 134
17SERSERARGARG(chain A and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...AA136 - 149137 - 150
18GLYGLYLYSLYS(chain A and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...AA151 - 169152 - 170
19GDPGDPGDPGDP(chain A and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...AC201
210GLYGLYSERSER(chain B and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...BB0 - 651 - 66
211ARGARGASPASP(chain B and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...BB68 - 6969 - 70
212TYRTYRTHRTHR(chain B and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...BB71 - 8772 - 88
213SERSERLYSLYS(chain B and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...BB89 - 11790 - 118
214ASPASPTHRTHR(chain B and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...BB119 - 127120 - 128
215ALAALALEULEU(chain B and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...BB130 - 133131 - 134
216SERSERARGARG(chain B and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...BB136 - 149137 - 150
217GLYGLYLYSLYS(chain B and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...BB151 - 169152 - 170
218GDPGDPGDPGDP(chain B and (resseq 0:3 or (resid 4 and (name...BF201

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要素

#1: タンパク質 GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 19336.721 Da / 分子数: 2 / 変異: G12S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-I7H / (3R,4R)-1-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4S,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-hydroxypiperidine-4-carbaldehyde / (1R,6R)-3-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4S,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-8-oxa-3-azabicyclo[4.2.0]octan-7-one


分子量: 576.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H31ClFN5O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, 30% PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年9月23日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→66.53 Å / Num. obs: 29901 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 17.2960107706 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 1742 / CC1/2: 0.968

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX1.10.1-2155精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6USZ

6usz


解像度: 1.80000720583→44.3488584499 Å / SU ML: 0.217941797512 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36458227077 / 位相誤差: 24.1559025054
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233295099519 1464 4.90009037052 %
Rwork0.179014574786 28413 -
obs0.181667261326 29877 99.1932270916 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.2162748316 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.80000720583→44.3488584499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2718 0 140 342 3200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02750788688732936
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20834382293971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0629633595213433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691887499335496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.98003316941737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.80000720583-1.86430.333915243371460.2318643917342783X-RAY DIFFRACTION98.5863345675
1.8643-1.9390.3135219438191370.2169880490612803X-RAY DIFFRACTION98.459477562
1.939-2.02720.2886869780411420.202771830462828X-RAY DIFFRACTION98.8352745424
2.0272-2.13410.2841478467841560.1998320343552820X-RAY DIFFRACTION98.9361702128
2.1341-2.26780.264818161541390.1916870821212846X-RAY DIFFRACTION99.1035856574
2.2678-2.44290.2531024321521720.1907579743872826X-RAY DIFFRACTION99.2058239576
2.4429-2.68870.2463961558581310.1953327216792837X-RAY DIFFRACTION99.6307485733
2.6887-3.07770.2597757189221520.1831786586982860X-RAY DIFFRACTION99.6690933157
3.0777-3.87720.1924283260811400.1558454117722886X-RAY DIFFRACTION99.7692054072
3.8772-4.436230.1647825580381490.1503698932462924X-RAY DIFFRACTION99.70798183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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