+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tc2 | ||||||
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Title | Human APE1 in complex with 5-nitroindole-2-carboxylic acid | ||||||
Components | DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial | ||||||
Keywords | HYDROLASE / AP Endonuclease1 / APE1 / inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Resolution of Abasic Sites (AP sites) / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / site-specific endodeoxyribonuclease activity, specific for altered base / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / phosphodiesterase I activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity ...Resolution of Abasic Sites (AP sites) / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / site-specific endodeoxyribonuclease activity, specific for altered base / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / phosphodiesterase I activity / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / phosphoric diester hydrolase activity / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endodeoxyribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA catabolic process / 3'-5'-DNA exonuclease activity / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / regulation of mRNA stability / 3'-5' exonuclease activity / telomere maintenance / base-excision repair, gap-filling / cell redox homeostasis / DNA endonuclease activity / base-excision repair / chromatin DNA binding / transcription corepressor activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / regulation of apoptotic process / DNA recombination / endonuclease activity / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / oxidoreductase activity / ribosome / nuclear speck / DNA repair / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.43 Å | ||||||
Authors | Pidugu, L.S. / Pozharski, E. / Drohat, A.C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Plos One / Year: 2023 Title: Characterizing inhibitors of human AP endonuclease 1. Authors: Pidugu, L.S. / Servius, H.W. / Sevdalis, S.E. / Cook, M.E. / Varney, K.M. / Pozharski, E. / Drohat, A.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7tc2.cif.gz | 457.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7tc2.ent.gz | 377.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7tc2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7tc2_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7tc2_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 7tc2_validation.xml.gz | 49.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7tc2_validation.cif.gz | 71.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tc2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7tc3C 4lndS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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4 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32100.492 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: APEX1, APE, APE1, APEX, APX, HAP1, REF1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P27695 #2: Chemical | ChemComp-GID / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: PEG3350, Sodium Formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 25, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.43→38.9 Å / Num. obs: 208003 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.06 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.146 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 1418646 / Scaling rejects: 1343 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4LND Resolution: 1.43→38.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.087 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.088 / SU Rfree Blow DPI: 0.085 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.084
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Displacement parameters | Biso mean: 28.32 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.43→38.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.43→1.45 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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