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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7taf | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Human Enterovirus D68 US/MO/14-18947 strain virion in complex with inhibitor 11526092 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS/INHIBITOR / Virus / EV-D68 / acute flaccid myelitis / AFM / inhibitor / antiviral / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / VIRUS-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization ...picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / RNA helicase activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | enterovirus D68 (エンテロウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Fu, J. / Klose, T. / Kuhn, R.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Isoxazole-3-Carboxamide Derivatives of Pleconaril Destabilize the Viral Capsid of Enterovirus-D68 著者: Lane, T. / Fu, J. / Sherry, B. / Tarbet, B. / Hurst, B.L. / Riabova, O. / Kazakova, E. / Egorova, A. / Clarke, P. / Leser, S. / Frost, J. / Rudy, M. / Tyler, K. / Klose, T. / Kuhn, R.J. / Makarov, V. / Ekins, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7taf.cif.gz | 156.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7taf.ent.gz | 120.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7taf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7taf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7taf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 25772MC 7t9pC 7tagC 7tahC 7tajC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32819.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: US/MO/14-18947 / 参照: UniProt: A0A097BW12 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27112.814 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 318-564 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: US/MO/14-18947 / 参照: UniProt: A0A097BW12 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26573.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: US/MO/14-18947 / 参照: UniProt: A0A097BW12 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7336.960 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 2-69 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: US/MO/14-18947 / 参照: UniProt: A0A097BW12 |
#5: 化合物 | ChemComp-GFI / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: enterovirus D68 / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: enterovirus D68 (エンテロウイルス) / 株: US/MO/14-18947 |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon |
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 36.06 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 452877 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6CSG Accession code: 6CSG / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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