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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t27 | ||||||
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タイトル | Structure of phage FBB1 anti-CBASS nuclease Acb1-3'3'-cGAMP complex in post reaction state | ||||||
![]() | Acb1 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Anti-CBASS / Nuclease / Immune evasion | ||||||
機能・相同性 | Cyclic phosphodiesterase / Chem-ECI / Anti-CBASS protein Acb1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hobbs, S.J. / Wein, T. / Lu, A. / Morehouse, B.R. / Schnabel, J. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Phage anti-CBASS and anti-Pycsar nucleases subvert bacterial immunity. 著者: Hobbs, S.J. / Wein, T. / Lu, A. / Morehouse, B.R. / Schnabel, J. / Leavitt, A. / Yirmiya, E. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 770 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 773.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16265.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ECI / [( |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.99 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→43.85 Å / Num. obs: 47842 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 16.9 % / Biso Wilson estimate: 9.31 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2307 / CC1/2: 0.846 / Rpim(I) all: 0.438 / % possible all: 94.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→42.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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