+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7svx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of EmrE-D3 mutant in complex with monobody L10 and harmane | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Small Multidrug Resistance transporters / drug efflux pump / EmrE / Membrane protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity ...EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kermani, A.A. / Stockbridge, R.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: Crystal structures of bacterial small multidrug resistance transporter EmrE in complex with structurally diverse substrates. 著者: Kermani, A.A. / Burata, O.E. / Koff, B.B. / Koide, A. / Koide, S. / Stockbridge, R.B. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7svx.cif.gz | 86.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7svx.ent.gz | 63.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7svx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7svx_validation.pdf.gz | 680.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7svx_full_validation.pdf.gz | 689.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7svx_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7svx_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/7svx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/7svx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11907.279 Da / 分子数: 2 / 変異: E25N, W31I, V34M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: emrE, eb, mvrC, b0543, JW0531 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23895 #2: 抗体 | 分子量: 9931.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | ChemComp-CN9 / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.22 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.1, 33.8% PEG600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9183 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9183 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.9→114.83 Å / Num. obs: 3378 / % possible obs: 82.1 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.921→4.65 Å / 冗長度: 6.7 % / Num. unique obs: 338 / CC1/2: 0.921 / % possible all: 69.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6WK8 解像度: 3.9→60.21 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 44.44 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 168.89 Å2 / Biso mean: 62.0083 Å2 / Biso min: 10.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.9→60.21 Å
| ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.9→4.041 Å / Num. reflection Rfree: 135 / Num. reflection Rwork: 24 / Rfactor Rfree error: 0 |