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万見
- PDB-7svm: DPP8 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7svm
タイトルDPP8 IN COMPLEX WITH LIGAND ICeD-2
要素Dipeptidyl peptidase 8
キーワードHYDROLASE / DIPEPTIDYL PEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / immune response / apoptotic process / proteolysis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D06 / trimethylamine oxide / Dipeptidyl peptidase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Lammens, A. / Hollenstein, K. / Klein, D.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: A Phenotypic Screen Identifies Potent DPP9 Inhibitors Capable of Killing HIV-1 Infected Cells.
著者: Moore, K.P. / Schwaid, A.G. / Tudor, M. / Park, S. / Beshore, D.C. / Converso, A. / Shipe, W.D. / Anand, R. / Lan, P. / Moningka, R. / Rothman, D.M. / Sun, W. / Chi, A. / Cornella-Taracido, I. ...著者: Moore, K.P. / Schwaid, A.G. / Tudor, M. / Park, S. / Beshore, D.C. / Converso, A. / Shipe, W.D. / Anand, R. / Lan, P. / Moningka, R. / Rothman, D.M. / Sun, W. / Chi, A. / Cornella-Taracido, I. / Adam, G.C. / Bahnck-Teets, C. / Carroll, S.S. / Fay, J.F. / Goh, S.L. / Lusen, J. / Quan, S. / Rodriguez, S. / Xu, M. / Andrews, C.L. / Song, C. / Filzen, T. / Li, J. / Hollenstein, K. / Klein, D.J. / Lammens, A. / Lim, U.M. / Fang, Z. / McHale, C. / Li, Y. / Lu, M. / Diamond, T.L. / Howell, B.J. / Zuck, P. / Balibar, C.J.
履歴
登録2021年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 8
B: Dipeptidyl peptidase 8
C: Dipeptidyl peptidase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,75930
ポリマ－310,4503
非ポリマー5,30927
水8,521473
1
A: Dipeptidyl peptidase 8
ヘテロ分子

A: Dipeptidyl peptidase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,30226
ポリマ－206,9672
非ポリマー5,33624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area68610 Å2
手法PISA
2
B: Dipeptidyl peptidase 8
C: Dipeptidyl peptidase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,60717
ポリマ－206,9672
非ポリマー2,64115
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area66410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.288, 244.937, 261.487
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 47 - 898 / Label seq-ID: 47 - 898

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 8 / DP8 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 1 / DPRP-1 / Dipeptidyl peptidase VIII / DPP VIII / ...DP8 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 1 / DPRP-1 / Dipeptidyl peptidase VIII / DPP VIII / Prolyl dipeptidase DPP8


分子量: 103483.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP8, DPRP1, MSTP097, MSTP135, MSTP141
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6V1X1, dipeptidyl-peptidase IV
#2: 化合物
ChemComp-D06 / (2S)-2-amino-1-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-2-[(1r,4S)-4-(pyrrolidin-1-yl)cyclohexyl]ethan-1-one


分子量: 327.464 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド


分子量: 75.110 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.46 M NaCitrate pH 6.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→135.29 Å / Num. obs: 138235 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 1.97
反射 シェル解像度: 2.69→2.94 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 32528 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EOO

6eoo


解像度: 2.69→135.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 21.15 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2164 833 0.6 %RANDOM
Rwork0.1765 ---
obs0.1768 137401 96.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 202.15 Å2 / Biso mean: 64.883 Å2 / Biso min: 23.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.77 Å20 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.69→135.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20709 0 382 473 21564
Biso mean--100 50.33 -
残基数----2547
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01921416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0219901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.97329131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.308345778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2152555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18923.407995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.49115.2013559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.88215133
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.23108
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02123972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.025061
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A204900.01
12B204900.01
21A203440.02
22C203440.02
31B202700.02
32C202700.02
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 53 -
Rwork0.463 10231 -
all-10284 -
obs--97.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86680.0803-0.37341.7054-0.07910.72330.0519-0.05760.11930.09770.0338-0.0265-0.12410.068-0.08580.10850.03780.0210.2293-0.06290.0372-33.08431.41313.91
21.48850.1051-0.11991.37340.51781.33950.0663-0.06780.05560.141-0.03840.348-0.0461-0.2164-0.02790.03920.03580.06190.17530.04290.1205-59.06111.68414.259
31.5668-0.1789-0.20490.936-0.29420.86480.0686-0.11580.0995-0.02160.00610.0323-0.1679-0.149-0.07480.0878-0.01810.03730.3003-0.01830.0226-47.683-11.85157.15
41.0863-0.1436-0.56511.36350.31041.5046-0.0258-0.1106-0.32260.12360.00110.15470.2652-0.18970.02480.0574-0.0562-0.01640.22710.09520.1382-40.432-43.57956.945
51.5575-0.39760.21681.33480.32260.81290.0518-0.07740.04240.02920.0255-0.0923-0.01190.0986-0.07730.06930.00210.01230.1186-0.03320.01910.464-36.37431.437
61.5514-0.1263-0.38441.39990.30551.2734-0.00830.0566-0.3582-0.01520.01970.14250.258-0.099-0.01140.0811-0.0222-0.05020.0918-0.01810.1332-17.851-52.40429.106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 626
2X-RAY DIFFRACTION2A627 - 898
3X-RAY DIFFRACTION3B47 - 626
4X-RAY DIFFRACTION4B627 - 898
5X-RAY DIFFRACTION5C47 - 626
6X-RAY DIFFRACTION6C627 - 898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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