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- PDB-7sut: Light harvesting phycobiliprotein HaPE645 from the cryptophyte He... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sut
タイトルLight harvesting phycobiliprotein HaPE645 from the cryptophyte Hemiselmis andersenii CCMP644
要素
  • (HaPE645 alpha- ...) x 2
  • Phycoerythrin550 beta subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / phycobiliprotein / antenna / light harvesting / cryptophyte / algae / globin / CALM / CaRSP / phycoerythrin / Hemiselmis
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycoerythrin alpha chain / Phycoerythrin-like alpha chain superfamily / Phycoerythrin, alpha/beta chain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DiCys-(15,16)-Dihydrobiliverdin / PHYCOCYANOBILIN / PHYCOERYTHROBILIN / (15,16)-DIHYDROBILIVERDIN (SINGLY LINKED) / Phycoerythrin alpha chain domain-containing protein / Phycoerythrin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Hemiselmis andersenii (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Rathbone, H.W. / Michie, K.A. / Laos, A.L. / Curmi, P.M.G.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP180103964 オーストラリア
Other governmentFA2386-17-1-4101 (U.S. Air Force Office of Scientific Research through the Asian Office of Aerospace Research and Developmen) オーストラリア
Australian Research Council (ARC)LE190100165 オーストラリア
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular dissection of the soluble photosynthetic antenna from the cryptophyte alga Hemiselmis andersenii.
著者: Rathbone, H.W. / Laos, A.J. / Michie, K.A. / Iranmanesh, H. / Biazik, J. / Goodchild, S.C. / Thordarson, P. / Green, B.R. / Curmi, P.M.G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: J Synchrotron Radiat / 年: 2002
タイトル: Blu-Ice and the Distributed Control System: software for data acquisition and instrument control at macromolecular crystallography beamlines.
著者: McPhillips, T.M. / McPhillips, S.E. / Chiu, H.J. / Cohen, A.E. / Deacon, A.M. / Ellis, P.J. / Garman, E. / Gonzalez, A. / Sauter, N.K. / Phizackerley, R.P. / Soltis, S.M. / Kuhn, P.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2004
タイトル: Coot: model-building tools for molecular graphics.
著者: Emsley, P. / Cowtan, K.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2011
タイトル: Overview of the CCP4 suite and current developments.
著者: Winn, M.D. / Ballard, C.C. / Cowtan, K.D. / Dodson, E.J. / Emsley, P. / Evans, P.R. / Keegan, R.M. / Krissinel, E.B. / Leslie, A.G. / McCoy, A. / McNicholas, S.J. / Murshudov, G.N. / Pannu, N. ...著者: Winn, M.D. / Ballard, C.C. / Cowtan, K.D. / Dodson, E.J. / Emsley, P. / Evans, P.R. / Keegan, R.M. / Krissinel, E.B. / Leslie, A.G. / McCoy, A. / McNicholas, S.J. / Murshudov, G.N. / Pannu, N.S. / Potterton, E.A. / Powell, H.R. / Read, R.J. / Vagin, A. / Wilson, K.S.
#5: ジャーナル: J Appl Crystallogr / 年: 2007
タイトル: Phaser crystallographic software.
著者: McCoy, A.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Adams, P.D. / Winn, M.D. / Storoni, L.C. / Read, R.J.
#6: ジャーナル: J Synchrotron Radiat / 年: 2018
タイトル: MX2: a high-flux undulator microfocus beamline serving both the chemical and macromolecular crystallography communities at the Australian Synchrotron.
著者: Aragao, D. / Aishima, J. / Cherukuvada, H. / Clarken, R. / Clift, M. / Cowieson, N.P. / Ericsson, D.J. / Gee, C.L. / Macedo, S. / Mudie, N. / Panjikar, S. / Price, J.R. / Riboldi-Tunnicliffe, ...著者: Aragao, D. / Aishima, J. / Cherukuvada, H. / Clarken, R. / Clift, M. / Cowieson, N.P. / Ericsson, D.J. / Gee, C.L. / Macedo, S. / Mudie, N. / Panjikar, S. / Price, J.R. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Rostan, R. / Williamson, R. / Caradoc-Davies, T.T.
履歴
登録2021年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HaPE645 alpha-1 subunit
B: Phycoerythrin550 beta subunit
C: HaPE645 alpha-2 subunit
D: Phycoerythrin550 beta subunit
E: HaPE645 alpha-1 subunit
F: Phycoerythrin550 beta subunit
G: HaPE645 alpha-2 subunit
H: Phycoerythrin550 beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,22028
ポリマ－107,1688
非ポリマー10,05220
水8,215456
1
A: HaPE645 alpha-1 subunit
B: Phycoerythrin550 beta subunit
C: HaPE645 alpha-2 subunit
D: Phycoerythrin550 beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,73215
ポリマ－53,5844
非ポリマー5,14811
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22210 Å2
ΔGint-167 kcal/mol
Surface area17630 Å2
手法PISA
2
E: HaPE645 alpha-1 subunit
F: Phycoerythrin550 beta subunit
G: HaPE645 alpha-2 subunit
H: Phycoerythrin550 beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,48813
ポリマ－53,5844
非ポリマー4,9049
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21610 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area17580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.032, 80.983, 115.837
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.214, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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HaPE645 alpha- ... , 2種, 4分子 AECG

#1: タンパク質 HaPE645 alpha-1 subunit


分子量: 8974.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemiselmis andersenii (真核生物) / 参照: UniProt: A0A7S0U215
#3: タンパク質 HaPE645 alpha-2 subunit


分子量: 7795.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemiselmis andersenii (真核生物) / 株: CCMP644

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BDFH

#2: タンパク質
Phycoerythrin550 beta subunit


分子量: 18406.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemiselmis andersenii (真核生物) / 参照: UniProt: U5T8W0

-
非ポリマー , 8種, 476分子

#4: 化合物
ChemComp-X2I / (15,16)-DIHYDROBILIVERDIN (SINGLY LINKED) / 3-(2-{[3-(2-carboxyethyl)-5-{[(2R)-4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-5-[(Z)-(3-ethyl-4-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-3-yl)propanoic acid


分子量: 588.694 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-AX9 / DiCys-(15,16)-Dihydrobiliverdin / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN (double Cys bound form) / 3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(3-ethyl-4-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{[(2R)-4-ethyl-3-methyl-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 588.694 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris + 25 % (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→115.75 Å / Num. obs: 151716 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19.89 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 1.117 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4645 / CC1/2: 0.463 / % possible all: 58.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.5モデル構築
DIALSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHENIX1.14位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LMX

4lmx


解像度: 1.49→41.43 Å / SU ML: 0.1629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.3653
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1747 1871 1.23 %
Rwork0.1455 149795 -
obs0.1459 151666 93.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→41.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7100 0 729 456 8285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01068369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.316511402
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07321192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00811451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.53343129
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.530.3355920.28967376X-RAY DIFFRACTION59.84
1.53-1.580.29521040.24158831X-RAY DIFFRACTION71.81
1.58-1.630.281350.208810604X-RAY DIFFRACTION86.04
1.63-1.680.22811460.179911945X-RAY DIFFRACTION96.72
1.68-1.750.20251490.162612226X-RAY DIFFRACTION99.64
1.75-1.830.21181570.166912267X-RAY DIFFRACTION99.74
1.83-1.930.2061610.141412319X-RAY DIFFRACTION99.77
1.93-2.050.1781570.12412264X-RAY DIFFRACTION99.91
2.05-2.210.15931450.119812349X-RAY DIFFRACTION99.82
2.21-2.430.14891570.115812329X-RAY DIFFRACTION99.71
2.43-2.780.17431570.123912364X-RAY DIFFRACTION99.9
2.78-3.50.16771580.143712362X-RAY DIFFRACTION99.75
3.5-41.430.1531530.15512559X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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