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- PDB-7ssf: Light harvesting phycobiliprotein HaPE560 from the cryptophyte He... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ssf
タイトルLight harvesting phycobiliprotein HaPE560 from the cryptophyte Hemiselmis andersenii CCMP644
要素
  • HaPE560 alpha subunit
  • Phycoerythrin550 beta subunit
キーワードPHOTOSYNTHESIS / phycobiliprotein / antenna / light harvesting / cryptophyte / algae / globin / CALM / CaRSP / phycoerythrin / Hemiselmis
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DiCys-(15,16)-Dihydrobiliverdin / PHYCOERYTHROBILIN / Phycoerythrin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Hemiselmis andersenii (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Rathbone, H.W. / Michie, K.A. / Laos, A.L. / Curmi, P.M.G.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP180103964 オーストラリア
Other governmentFA2386-17-1-4101 (U.S. Air Force Office of Scientific Research through the Asian Office of Aerospace Research and Developmen) オーストラリア
Australian Research Council (ARC)LE190100165 オーストラリア
引用
ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular dissection of the soluble photosynthetic antenna from the cryptophyte alga Hemiselmis andersenii
著者: Rathbone, H.W. / Curmi, P.M.G. / Michie, K.A. / Green, B.R. / Laos, A.L. / Thordarson, P. / Iranmanesh, H.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: J Synchrotron Radiat / 年: 2015
タイトル: MX1: a bending-magnet crystallography beamline serving both chemical and macromolecular crystallography communities at the Australian Synchrotron.
著者: Cowieson, N.P. / Aragao, D. / Clift, M. / Ericsson, D.J. / Gee, C. / Harrop, S.J. / Mudie, N. / Panjikar, S. / Price, J.R. / Riboldi-Tunnicliffe, A. / Williamson, R. / Caradoc-Davies, T.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2004
タイトル: Coot: model-building tools for molecular graphics.
著者: Emsley, P. / Cowtan, K.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2011
タイトル: Overview of the CCP4 suite and current developments.
著者: Winn, M.D. / Ballard, C.C. / Cowtan, K.D. / Dodson, E.J. / Emsley, P. / Evans, P.R. / Keegan, R.M. / Krissinel, E.B. / Leslie, A.G. / McCoy, A. / McNicholas, S.J. / Murshudov, G.N. / Pannu, N. ...著者: Winn, M.D. / Ballard, C.C. / Cowtan, K.D. / Dodson, E.J. / Emsley, P. / Evans, P.R. / Keegan, R.M. / Krissinel, E.B. / Leslie, A.G. / McCoy, A. / McNicholas, S.J. / Murshudov, G.N. / Pannu, N.S. / Potterton, E.A. / Powell, H.R. / Read, R.J. / Vagin, A. / Wilson, K.S.
#5: ジャーナル: J Appl Crystallogr / 年: 2007
タイトル: Phaser crystallographic software.
著者: McCoy, A.J. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Adams, P.D. / Winn, M.D. / Storoni, L.C. / Read, R.J.
履歴
登録2021年11月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.occupancy / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HaPE560 alpha subunit
B: Phycoerythrin550 beta subunit
C: HaPE560 alpha subunit
D: Phycoerythrin550 beta subunit
E: HaPE560 alpha subunit
F: Phycoerythrin550 beta subunit
G: HaPE560 alpha subunit
H: Phycoerythrin550 beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,30428
ポリマ－104,4838
非ポリマー9,82120
水14,646813
1
A: HaPE560 alpha subunit
B: Phycoerythrin550 beta subunit
C: HaPE560 alpha subunit
D: Phycoerythrin550 beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,07313
ポリマ－52,2414
非ポリマー4,8329
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: HaPE560 alpha subunit
F: Phycoerythrin550 beta subunit
G: HaPE560 alpha subunit
H: Phycoerythrin550 beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,23115
ポリマ－52,2414
非ポリマー4,98911
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.320, 67.970, 184.494
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-386-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
HaPE560 alpha subunit


分子量: 7713.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemiselmis andersenii (真核生物) / 株: CCMP644
#2: タンパク質
Phycoerythrin550 beta subunit


分子量: 18406.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Hemiselmis andersenii (真核生物) / 参照: UniProt: U5T8W0

-
非ポリマー , 5種, 833分子

#3: 化合物
ChemComp-PEB / PHYCOERYTHROBILIN


分子量: 588.694 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-AX9 / DiCys-(15,16)-Dihydrobiliverdin / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN (double Cys bound form) / 3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(Z)-(3-ethyl-4-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{[(2R)-4-ethyl-3-methyl-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-2-yl]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid


分子量: 588.694 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: TRIS HCl 0.162 M + PEGMME 5000 21.4 % (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→28.94 Å / Num. obs: 181639 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 14.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.424 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 8893 / CC1/2: 0.546 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
iMOSFLMデータ削減
pointless1.11.17データスケーリング
Aimless0.7.3データスケーリング
PHENIX1.14位相決定
Coot0.9.5モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LMX

4lmx


解像度: 1.45→28.94 Å / SU ML: 0.1588 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.0252
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1921 9097 5.01 %
Rwork0.1541 172526 -
obs0.156 181623 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7195 0 713 813 8721
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01278776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.415111992
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07131237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00951555
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.91673271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.470.29953170.27735720X-RAY DIFFRACTION99.39
1.47-1.480.29013190.24895686X-RAY DIFFRACTION99.39
1.48-1.50.29192970.23785694X-RAY DIFFRACTION99.49
1.5-1.520.27482810.22055674X-RAY DIFFRACTION99.28
1.52-1.540.26473260.2095697X-RAY DIFFRACTION99.5
1.54-1.560.24023140.19635704X-RAY DIFFRACTION99.42
1.56-1.580.22662920.18435729X-RAY DIFFRACTION99.67
1.58-1.610.23882950.17775715X-RAY DIFFRACTION99.5
1.61-1.630.25522730.18475737X-RAY DIFFRACTION99.73
1.63-1.660.2152990.17545783X-RAY DIFFRACTION99.77
1.66-1.690.20283130.16715647X-RAY DIFFRACTION99.83
1.69-1.720.20492950.1625833X-RAY DIFFRACTION99.85
1.72-1.750.22412840.16145693X-RAY DIFFRACTION99.98
1.75-1.790.21773000.15975773X-RAY DIFFRACTION99.97
1.79-1.830.19683060.14895734X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.870.19483370.14575750X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.920.2012840.14855731X-RAY DIFFRACTION99.98
1.92-1.970.19143330.14485731X-RAY DIFFRACTION99.95
1.97-2.030.18743140.14615766X-RAY DIFFRACTION99.97
2.03-2.090.20082860.14645738X-RAY DIFFRACTION99.93
2.09-2.170.18182940.13955806X-RAY DIFFRACTION99.92
2.17-2.250.17763310.13945748X-RAY DIFFRACTION99.92
2.25-2.350.18283050.14045768X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.480.16663110.1345714X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.630.16982870.13955829X-RAY DIFFRACTION99.93
2.63-2.840.18093100.14535781X-RAY DIFFRACTION99.92
2.84-3.120.18282810.15435816X-RAY DIFFRACTION99.93
3.12-3.570.19983390.15825784X-RAY DIFFRACTION99.93
3.57-4.50.16512930.13985848X-RAY DIFFRACTION99.9
4.5-28.940.15992810.14775897X-RAY DIFFRACTION98.82

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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