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万見
- PDB-7sly: Vanin-1 complexed with Compound 27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7sly
タイトルVanin-1 complexed with Compound 27
要素Pantetheinase
キーワードHYDROLASE / Pantetheine / SBDD / pyrimdine carboxamide
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine hydrolase / pantetheine hydrolase activity / pantothenate metabolic process / chronic inflammatory response / coenzyme A catabolic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / positive regulation of T cell differentiation in thymus / acute inflammatory response / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway ...pantetheine hydrolase / pantetheine hydrolase activity / pantothenate metabolic process / chronic inflammatory response / coenzyme A catabolic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / positive regulation of T cell differentiation in thymus / acute inflammatory response / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / azurophil granule membrane / side of membrane / cell-cell adhesion / response to oxidative stress / inflammatory response / innate immune response / Neutrophil degranulation / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Biotinidase-like, eukaryotic / Biotinidase/VNN family / Vanin, C-terminal / Vanin C-terminal domain / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9S5 / Pantetheinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Vajdos, F.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of a Series of Pyrimidine Carboxamides as Inhibitors of Vanin-1.
著者: Casimiro-Garcia, A. / Allais, C. / Brennan, A. / Choi, C. / Dower, G. / Farley, K.A. / Fleming, M. / Flick, A. / Frisbie, R.K. / Hall, J. / Hepworth, D. / Jones, H. / Knafels, J.D. / Kortum, ...著者: Casimiro-Garcia, A. / Allais, C. / Brennan, A. / Choi, C. / Dower, G. / Farley, K.A. / Fleming, M. / Flick, A. / Frisbie, R.K. / Hall, J. / Hepworth, D. / Jones, H. / Knafels, J.D. / Kortum, S. / Lovering, F.E. / Mathias, J.P. / Mohan, S. / Morgan, P.M. / Parng, C. / Parris, K. / Pullen, N. / Schlerman, F. / Stansfield, J. / Strohbach, J.W. / Vajdos, F.F. / Vincent, F. / Wang, H. / Wang, X. / Webster, R. / Wright, S.W.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pantetheinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2726
ポリマ－53,8021
非ポリマー2,4705
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.980, 110.973, 147.885
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Pantetheinase / Pantetheine hydrolase / Tiff66 / Vascular non-inflammatory molecule 1 / Vanin-1


分子量: 53801.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VNN1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O95497, pantetheine hydrolase

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糖 , 3種, 4分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-[beta-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-3DManpb1-6[DManpb1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 119分子

#5: 化合物 ChemComp-9S5 / (8-oxa-2-azaspiro[4.5]decan-2-yl)(2-{[(1S)-1-(pyrazin-2-yl)ethyl]amino}pyrimidin-5-yl)methanone


分子量: 368.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM MES pH 6.1-6.7, 22-33% PEG-MME-2000, 10 mM TCEP
PH範囲: 6.1-6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→50 Å / Num. obs: 28458 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 55.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 173822
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.17-2.255.50.7826381.03193.4
2.25-2.3460.57927721.003197.3
2.34-2.446.20.47928271.042199.8
2.44-2.576.30.34728471.0921100
2.57-2.736.30.21128461.061100
2.73-2.956.30.1428591.0281100
2.95-3.246.20.10628671.031100
3.24-3.716.20.06728881.01199.9
3.71-4.676.20.07729141.038199.8
4.67-5060.05230001.068198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 2.17→44.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9331 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9248 / SU R Cruickshank DPI: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.229 / SU Rfree Blow DPI: 0.178 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.179
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2228 1436 5.05 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1917 28418 98.98 %-
原子変位パラメータBiso max: 147.2 Å2 / Biso mean: 65.13 Å2 / Biso min: 39.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8254 Å20 Å20 Å2
2---22.8278 Å20 Å2
3---22.0025 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.306 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→44.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3622 0 166 118 3906
Biso mean--78.96 68.04 -
残基数----461
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1331SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes95HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes580HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3927HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion544SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4458SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3927HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5394HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.98
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.98
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2822 139 5.01 %
Rwork0.2434 2635 -
all0.2454 2774 -
obs--93.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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