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- PDB-7scf: M. tb EgtD in complex with HD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7scf
タイトルM. tb EgtD in complex with HD2
要素Histidine N-alpha-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Ergothioneine biosynthesis pathway / Rossmann fold domain / histidine/histamine derivatives / SAM dependent methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


ergothioneine biosynthetic process / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / aminoacyl-tRNA ligase activity / protein methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase EgtD-like / Histidine-specific methyltransferase, SAM-dependent / Histidine N-alpha-methyltransferase, Actinobacteria-type / Histidine N-alpha-methyltransferase / Histidine-specific methyltransferase, SAM-dependent / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8YI / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Histidine N-alpha-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Sudasinghe, T.D. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Inhibitors of Mycobacterium tuberculosis EgtD target both substrate binding sites to limit hercynine production.
著者: Sudasinghe, T.D. / Banco, M.T. / Ronning, D.R.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine N-alpha-methyltransferase
B: Histidine N-alpha-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,48918
ポリマ－70,6302
非ポリマー1,86016
水1,60389
1
A: Histidine N-alpha-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,45011
ポリマ－35,3151
非ポリマー1,13510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histidine N-alpha-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0397
ポリマ－35,3151
非ポリマー7256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.102, 71.570, 145.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Histidine N-alpha-methyltransferase / Histidine trimethyltransferase


分子量: 35314.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: egtD, C0094_20235, DSI38_25660, E5M05_18135, E5M52_16355, E5M78_15990, ERS007657_01802, ERS007663_00740, ERS007665_01629, ERS007670_03296, ERS007741_03430, ERS013471_00673, ERS024276_ ...遺伝子: egtD, C0094_20235, DSI38_25660, E5M05_18135, E5M52_16355, E5M78_15990, ERS007657_01802, ERS007663_00740, ERS007665_01629, ERS007670_03296, ERS007741_03430, ERS013471_00673, ERS024276_01805, ERS094182_02516, F6W99_02380, GCL30_14140, SAMEA2683035_00801
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A045KE74, L-histidine Nalpha-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 105分子

#2: 化合物 ChemComp-8YI / (2S)-3-(1H-imidazol-5-yl)-2-(1H-pyrrol-1-yl)propanoic acid


分子量: 205.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M potassium phosphate dibasic and 20 % w/v polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→50.95 Å / Num. obs: 21089 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 1 % / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.89
反射 シェル解像度: 2.67→2.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 2068 / CC1/2: 0.44

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UY5

4uy5


解像度: 2.67→50.95 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2801 1996 9.47 %
Rwork0.2128 19079 -
obs0.2193 21075 99.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 47.56 Å2 / Biso mean: 29.4438 Å2 / Biso min: 21.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→50.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4974 0 99 89 5162
Biso mean--31.58 28.29 -
残基数----642
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.67-2.730.33381330.27771279141296
2.74-2.810.38151420.283213261468100
2.81-2.890.32661390.273913641503100
2.89-2.980.31531410.266513541495100
2.98-3.090.31511450.256513331478100
3.09-3.220.31021440.237113321476100
3.22-3.360.31351400.224613641504100
3.36-3.540.28861370.206113631500100
3.54-3.760.24951410.196913601501100
3.76-4.050.27361470.195213601507100
4.05-4.460.25161430.173913771520100
4.46-5.10.23991420.176413781520100
5.1-6.420.31691460.225914011547100
6.43-50.950.20681560.177514881644100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.245 Å / Origin y: -5.5358 Å / Origin z: 18.0802 Å
111213212223313233
T0.214 Å2-0.0369 Å2-0.0061 Å2-0.2053 Å20.0004 Å2--0.2127 Å2
L0.2177 °2-0.155 °20.0191 °2-0.1777 °2-0.0541 °2--0.1615 °2
S0.0019 Å °-0.0269 Å °0.031 Å °-0.0101 Å °0.0013 Å °-0.0229 Å °-0.0655 Å °0.0596 Å °-0.0022 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 321
2X-RAY DIFFRACTION1allA401 - 501
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 401
4X-RAY DIFFRACTION1allB402 - 501
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 2
6X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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