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- PDB-7s6v: Leishmania infantum Glycogen Synthase Kinase 3 beta bound to CGP60474 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7s6v
タイトルLeishmania infantum Glycogen Synthase Kinase 3 beta bound to CGP60474
要素Glycogen synthase kinase 3
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Protein kinase / inhibitor / TRANSFERASE / GSK3s / GSK3beta / Leishmania infantum / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell differentiation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / signal transduction / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycogen synthase kinase 3, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8II / Glycogen synthase kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者dos Reis, C.V. / Ramos, P.Z. / Counago, R.M.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/50724-5 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)465651/2014-3 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/50897-0 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Leishmania infantum Glycogen Synthase Kinase 3 beta bound to CGP60474
著者: Ramos, P.Z. / dos Reis, C.V. / Counago, R.M.
履歴
登録2021年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycogen synthase kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4484
ポリマ－40,9341
非ポリマー5143
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area350 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)156.163, 39.871, 62.801
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.090, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Glycogen synthase kinase 3


分子量: 40933.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)
遺伝子: GSK3, LINF_180007700, LINJ_18_0270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A4HXQ3, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-8II / 3-({4-[2-(3-chloroanilino)pyrimidin-4-yl]pyridin-2-yl}amino)propan-1-ol / CGP-60474


分子量: 355.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18ClN5O
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG3350 20%, 300 mM Li2SO4, 100 mM SBG (42.8 mM Sodium tartrate dihydrate, 28.6 mM Bis-Tris and 28.6 mM Glycylglycine)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月6日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→76.62 Å / Num. obs: 44340 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1896 / CC1/2: 0.695 / Rpim(I) all: 0.356 / Rrim(I) all: 0.873

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7S6U

7s6u


解像度: 1.66→76.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.912 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2154 2120 4.8 %RANDOM
Rwork0.1839 ---
obs0.1854 42220 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.81 Å2 / Biso mean: 26.431 Å2 / Biso min: 13.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å2-0 Å2-0.58 Å2
2---1.16 Å2-0 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.66→76.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2681 0 34 209 2924
Biso mean--26.15 36.05 -
残基数----345
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0132786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9351.6443784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5421.5795928
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1185345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55922.286140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.0615447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5241517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02638
LS精密化 シェル解像度: 1.663→1.706 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 124 -
Rwork0.274 2836 -
all-2960 -
obs--90.69 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 53.583 Å / Origin y: 23.206 Å / Origin z: 42.08 Å
111213212223313233
T0.0152 Å20.0201 Å20.0087 Å2-0.0289 Å20.0135 Å2--0.0423 Å2
L0.481 °20.1562 °2-0.0393 °2-0.2975 °20.0878 °2--0.3215 °2
S-0.0401 Å °-0.0782 Å °-0.0004 Å °0.0133 Å °0.0139 Å °0.101 Å °0.0525 Å °0.067 Å °0.0262 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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