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- PDB-7rou: Structure of human tyrosyl tRNA synthetase in complex with ML901-Tyr -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rou
タイトルStructure of human tyrosyl tRNA synthetase in complex with ML901-Tyr
要素Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードLIGASE / enzyme / tyrosyl-tRNA synthetase / malaria / inhibitor / tyrosine-AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8 receptor binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / response to starvation / small molecule binding / tRNA binding / nuclear body / apoptotic process ...interleukin-8 receptor binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / response to starvation / small molecule binding / tRNA binding / nuclear body / apoptotic process / extracellular space / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs ...: / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-66I / Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Metcalfe, R.D. / Xie, S.C. / Morton, C.J. / Tilley, L. / Griffin, M.D.W.
資金援助 日本, オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Global Health Innovative Technology FundGHIT-RFP-HTLP-H2019-104 日本
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1171794 オーストラリア
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Reaction hijacking of tyrosine tRNA synthetase as a new whole-of-life-cycle antimalarial strategy.
著者: Xie, S.C. / Metcalfe, R.D. / Dunn, E. / Morton, C.J. / Huang, S.C. / Puhalovich, T. / Du, Y. / Wittlin, S. / Nie, S. / Luth, M.R. / Ma, L. / Kim, M.S. / Pasaje, C.F.A. / Kumpornsin, K. / ...著者: Xie, S.C. / Metcalfe, R.D. / Dunn, E. / Morton, C.J. / Huang, S.C. / Puhalovich, T. / Du, Y. / Wittlin, S. / Nie, S. / Luth, M.R. / Ma, L. / Kim, M.S. / Pasaje, C.F.A. / Kumpornsin, K. / Giannangelo, C. / Houghton, F.J. / Churchyard, A. / Famodimu, M.T. / Barry, D.C. / Gillett, D.L. / Dey, S. / Kosasih, C.C. / Newman, W. / Niles, J.C. / Lee, M.C.S. / Baum, J. / Ottilie, S. / Winzeler, E.A. / Creek, D.J. / Williamson, N. / Parker, M.W. / Brand, S. / Langston, S.P. / Dick, L.R. / Griffin, M.D.W. / Gould, A.E. / Tilley, L.
履歴
登録2021年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3679
ポリマ－41,1191
非ポリマー1,2488
水5,332296
1
A: Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子

A: Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,73518
ポリマ－82,2392
非ポリマー2,49616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area29620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.622, 162.189, 35.231
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-591-

HOH

21A-678-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 41119.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YARS1, YARS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54577, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-66I / {(2R,3S,4R,5R)-5-[4-amino-3-(difluoromethoxy)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl}methyl [(2S)-2-amino-3-(4-hydroxyphenyl)propanoyl]sulfamate (non-preferred name)


分子量: 575.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23F2N7O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.1-2.3 M ammonium sulfate, 2% acetone, 0.1 M NaH2PO4/K2HPO4, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→43.98 Å / Num. obs: 48890 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 33.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.087 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2547 / CC1/2: 0.467 / Rpim(I) all: 1.147 / Rrim(I) all: 3.024 / Rsym value: 2.795

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QBT

4qbt


解像度: 1.7→43.98 Å / SU ML: 0.2134 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 23.2572
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 2395 4.91 %
Rwork0.1782 46420 -
obs0.1797 48815 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2677 0 74 296 3047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01032819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0863820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662421
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7221053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.36911210.33412691X-RAY DIFFRACTION99.93
1.73-1.770.34511470.29912692X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.810.2841350.2722672X-RAY DIFFRACTION99.96
1.81-1.860.29231310.25712721X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.910.3141400.23812644X-RAY DIFFRACTION99.96
1.91-1.970.24451460.2272732X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.030.22681320.21992688X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.10.21521440.18682713X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.190.2621390.1742698X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.280.22251290.17972714X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.410.22491500.17762698X-RAY DIFFRACTION99.93
2.41-2.560.22921440.1792738X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.750.20321300.19292742X-RAY DIFFRACTION100
2.75-3.030.23861560.19882736X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.470.20341450.17782790X-RAY DIFFRACTION99.97
3.47-4.370.16541530.14292796X-RAY DIFFRACTION99.97
4.37-43.980.19051530.16192955X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 60.5914104558 Å / Origin y: 22.236189405 Å / Origin z: 42.3382386403 Å
111213212223313233
T0.291135479088 Å20.0102263751383 Å2-0.0180006851083 Å2-0.249328110361 Å2-0.0280965244989 Å2--0.277066202072 Å2
L1.69099533481 °2-1.39077528517 °2-0.55578068253 °2-1.82517536212 °20.485723078738 °2--0.985754002049 °2
S-0.0298933717209 Å °0.0859979948981 Å °-0.114861222758 Å °-0.00367683116469 Å °-0.0768133862127 Å °0.196666492852 Å °-0.0235477047496 Å °-0.0907130235413 Å °0.0988288342313 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 4 through 342)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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