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万見
- PDB-7qui: Crystal structure of the N-terminal domain of Siglec-8 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qui
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of Siglec-8 in complex with sulfonamide sialoside analogue
要素Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
キーワードIMMUNE SYSTEM / Siglec / sialic acid / antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


sialic acid binding / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / carbohydrate binding / cell adhesion / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F9I / Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.352 Å
データ登録者Lenza, M.P. / Oyenarte, I. / Atxabal, U. / Nycholat, C. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Delgado, S. / Unione, L. / Paulson, J. / Jimenez-Barbero, J. / Ereno-Orbea, J.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN860325
European Research Council (ERC)ERC-2017-AdG, 788143-RECGLYCANMR
Other government スペイン
引用ジャーナル: Jacs Au / 年: 2023
タイトル: Structures of the Inhibitory Receptor Siglec-8 in Complex with a High-Affinity Sialoside Analogue and a Therapeutic Antibody.
著者: Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C. / Oyenarte, I. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Delgado, S. / Nunez-Franco, R. / Garnica Marroquin, C.T. / Coelho, H. / Unione, L. / Jimenez-Oses, ...著者: Lenza, M.P. / Atxabal, U. / Nycholat, C. / Oyenarte, I. / Franconetti, A. / Quintana, J.I. / Delgado, S. / Nunez-Franco, R. / Garnica Marroquin, C.T. / Coelho, H. / Unione, L. / Jimenez-Oses, G. / Marcelo, F. / Schubert, M. / Paulson, J.C. / Jimenez-Barbero, J. / Ereno-Orbea, J.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
A: Sialic acid-binding Ig-like lectin 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1654
ポリマ－35,2772
非ポリマー1,8882
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.682, 91.682, 150.131
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Sialic acid-binding Ig-like lectin 8 / Siglec-8 / Sialoadhesin family member 2 / SAF-2


分子量: 17638.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIGLEC8, SAF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NYZ4
#2: 化合物 ChemComp-F9I / (2~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-(hydroxymethyl)-4,6-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)-6-(sulfooxymethyl)oxan-4-yl]oxy-6-[(1~{R},2~{R})-3-(naphthalen-2-ylsulfonylamino)-1,2-bis(oxidanyl)propyl]-4-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid


分子量: 943.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H49N3O23S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.075 M Hepes pH 7.5, 15 % PEG 10000 and 25% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.71 - 2.25
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月25日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.711
22.251
反射解像度: 3.35→45.84 Å / Num. obs: 10954 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 126.2 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 3.35→3.47 Å / Rmerge(I) obs: 2.123 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1082 / CC1/2: 0.686 / Rpim(I) all: 0.476

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7QU6

7qu6


解像度: 3.352→42.336 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2921 546 4.98 %
Rwork0.2648 10408 -
obs0.2662 10954 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 223.45 Å2 / Biso mean: 126.7064 Å2 / Biso min: 84.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.352→42.336 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 126 0 2289
Biso mean--120.38 --
残基数----266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.352-3.68910.33481350.2972551
3.6891-4.22260.24681340.25722555
4.2226-5.31830.28621360.22432604
5.3183-42.3360.30371410.28672698
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.9747 Å / Origin y: 34.5283 Å / Origin z: 11.8854 Å
111213212223313233
T0.6358 Å2-0.0104 Å2-0.0981 Å2-1.1246 Å2-0.1338 Å2--0.8652 Å2
L3.9233 °2-1.6663 °2-3.5509 °2-0.8681 °21.1029 °2--3.4065 °2
S-0.0824 Å °0.3168 Å °-0.1604 Å °-0.0947 Å °-0.2216 Å °0.3689 Å °0.1574 Å °-0.9261 Å °0.2474 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB22 - 156
2X-RAY DIFFRACTION1allB201
3X-RAY DIFFRACTION1allA22 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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