PDB-7qhv: Crystal structure of the sulfoquinovosyl binding protein SmoF com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7qhv

タイトル

Crystal structure of the sulfoquinovosyl binding protein SmoF complexed with sulfoquinovosyl diacylglycerol

要素

Sulfoquinovosyl binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / agrobacterium / sulfoquinovose / SmoF

機能・相同性

Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / periplasmic space / Chem-CQI / GLYCINE / Maltose-binding periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Snow, A. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2022
タイトル: The sulfoquinovosyl glycerol binding protein SmoF binds and accommodates plant sulfolipids.
著者: Snow, A.J.D. / Sharma, M. / Lingford, J.P. / Zhang, Y. / Mui, J.W. / Epa, R. / Goddard-Borger, E.D. / Williams, S.J. / Davies, G.J.

履歴

登録	2021年12月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7qhv.cif.gz	297.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7qhv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7qhv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7qhv_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7qhv_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7qhv_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	7qhv_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qhv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qh/7qhv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yzsC 7yzuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (2) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (2)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (2)
#243 - 2020年3月
電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels)
類似性 (2)
#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Sulfoquinovosyl binding protein

BBB: Sulfoquinovosyl binding protein

ヘテロ分子

89.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Sulfoquinovosyl binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Sulfoquinovosyl binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.215, 69.589, 104.574
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.539, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Sulfoquinovosyl binding protein / Maltose-binding periplasmic protein 分子量: 44074.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 遺伝子: SY94_3278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A083ZKV5
#2: 化合物	ChemComp-CQI / [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-6-[(2~{S})-3-butanoyloxy-2-heptanoyloxy-propoxy]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methanesulfonic acid / sulfoquinovosyl diacylglycerol 分子量: 668.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₀O₁₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.98 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M L-Na-glutamate, alanine, glycine, lysine hydrochloride, serine, 0.1M TRIS, bicine, 12.5% MPD, PEG1000, PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 210 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97933 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97933 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.14→69.59 Å / Num. obs: 42301 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.093 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9.08-69.59	3.8	0.063	590	0.983	0.055	0.084
2.14-2.2	4.1	0.305	3462	0.942	0.265	0.406

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292119394

解像度: 2.14→57.995 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 6.881 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.221 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2598	2124	5.024 %
R_work	0.2035	40153	-
all	0.206	-	-
obs	-	42277	99.865 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.124 Å²	-0 Å²	3.128 Å²
2-	-	-0.769 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.14→57.995 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5828	0	73	208	6109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	6031
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.643	8214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.3	1.579	12825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.61	5	772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.392	24.19	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.801	15	929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.688	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	817
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6843
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	5328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	2975
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	295
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.676	2.601	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.677	2.6	3101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.553	3.891	3870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.553	3.89	3870
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.887	2.695	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.885	2.695	2928
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.884	3.979	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.883	3.979	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.222	30.711	6865
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.204	30.664	6843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.14-2.195	0.296	160	0.25	2939	X-RAY DIFFRACTION	99.8389
2.195-2.256	0.303	139	0.252	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.9671
2.256-2.321	0.321	150	0.234	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.321-2.392	0.271	142	0.213	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.9292
2.392-2.471	0.266	155	0.213	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.964
2.471-2.557	0.27	141	0.208	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.9258
2.557-2.654	0.277	135	0.208	2482	X-RAY DIFFRACTION	99.8474
2.654-2.762	0.271	124	0.211	2354	X-RAY DIFFRACTION	99.9194
2.762-2.885	0.26	135	0.205	2248	X-RAY DIFFRACTION	100
2.885-3.026	0.278	110	0.206	2205	X-RAY DIFFRACTION	100
3.026-3.189	0.25	105	0.195	2066	X-RAY DIFFRACTION	100
3.189-3.382	0.25	86	0.198	1984	X-RAY DIFFRACTION	99.663
3.382-3.616	0.259	106	0.193	1852	X-RAY DIFFRACTION	99.949
3.616-3.905	0.253	88	0.184	1709	X-RAY DIFFRACTION	99.8888
3.905-4.277	0.222	84	0.169	1592	X-RAY DIFFRACTION	99.9404
4.277-4.781	0.191	91	0.158	1434	X-RAY DIFFRACTION	99.7384
4.781-5.519	0.243	59	0.188	1280	X-RAY DIFFRACTION	99.7765
5.519-6.754	0.345	41	0.238	1105	X-RAY DIFFRACTION	99.8258
6.754-9.532	0.225	49	0.196	844	X-RAY DIFFRACTION	100
9.532-57.995	0.275	24	0.246	485	X-RAY DIFFRACTION	98.835

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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