[日本語] English
万見
- PDB-7q8v: Crystal structure of TTBK1 in complex with VNG2.73 (compound 42) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q8v
タイトルCrystal structure of TTBK1 in complex with VNG2.73 (compound 42)
要素Tau-tubulin kinase 1
キーワードTRANSFERASE / kinase / TTBK1 / tau tubulin kinase / kinase inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of astrocyte activation / positive regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / microtubule associated complex / positive regulation of protein polymerization / tau-protein kinase activity / substantia nigra development / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation ...positive regulation of astrocyte activation / positive regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity / microtubule associated complex / positive regulation of protein polymerization / tau-protein kinase activity / substantia nigra development / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / tau protein binding / peptidyl-tyrosine phosphorylation / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / learning or memory / non-specific serine/threonine protein kinase / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tau-tubulin kinase 1, catalytic domain / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9IV / PHOSPHATE ION / Tau-tubulin kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Nozal, V. / Martinez, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative スイス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: TDP-43 Modulation by Tau-Tubulin Kinase 1 Inhibitors: A New Avenue for Future Amyotrophic Lateral Sclerosis Therapy.
著者: Nozal, V. / Martinez-Gonzalez, L. / Gomez-Almeria, M. / Gonzalo-Consuegra, C. / Santana, P. / Chaikuad, A. / Perez-Cuevas, E. / Knapp, S. / Lietha, D. / Ramirez, D. / Petralla, S. / Monti, B. ...著者: Nozal, V. / Martinez-Gonzalez, L. / Gomez-Almeria, M. / Gonzalo-Consuegra, C. / Santana, P. / Chaikuad, A. / Perez-Cuevas, E. / Knapp, S. / Lietha, D. / Ramirez, D. / Petralla, S. / Monti, B. / Gil, C. / Martin-Requero, A. / Palomo, V. / de Lago, E. / Martinez, A.
履歴
登録2021年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tau-tubulin kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9473
ポリマ－35,5151
非ポリマー4322
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)170.915, 39.519, 49.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.080, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Tau-tubulin kinase 1 / Brain-derived tau kinase


分子量: 35515.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTBK1, BDTK, KIAA1855 / プラスミド: pSUMO-LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2
参照: UniProt: Q5TCY1, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-9IV / ~{N}-[4-(2-chloranylphenoxy)phenyl]-7~{H}-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 336.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H13ClN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.84 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 29% PEG 3350, 0.2M sodium acetate, 0.1M tris 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00002 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→47.77 Å / Num. obs: 17584 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.13-2.26.90.903217210.7780.3981.05497.2
8.25-47.776.60.0383410.9980.0160.04298.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7jxx

7jxx


解像度: 2.13→47.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 12.648 / SU ML: 0.158 / SU R Cruickshank DPI: 0.2493 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.249 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2444 899 5.1 %RANDOM
Rwork0.1874 ---
obs0.1903 16685 96.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.07 Å2 / Biso mean: 49.496 Å2 / Biso min: 29.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å2-0 Å2-2.17 Å2
2--2.11 Å20 Å2
3----2.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→47.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2380 0 29 75 2484
Biso mean--67.49 49.51 -
残基数----292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132463
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2981.6433310
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2061.5945439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.145291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.00920.993141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6915457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5941522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.022879
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02613
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.185 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 76 -
Rwork0.27 1218 -
all-1294 -
obs--96.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.50210.64490.05824.31630.68082.69990.1252-0.2770.36050.1452-0.03070.309-0.2261-0.2242-0.09460.0549-0.0014-0.00520.1727-0.01790.127271.141439.12439.5007
23.60630.2342-0.61421.613-0.08352.17670.05480.3043-0.1027-0.1564-0.03210.0389-0.0112-0.0213-0.02270.01990.018-0.01790.052-0.04380.051659.228931.0786-12.0024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2A110 - 312

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る