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- PDB-7pcm: BurG (holo) in complex with (Z)-2,3-dihydroxy-6-methyl-hept-2-eno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pcm
タイトルBurG (holo) in complex with (Z)-2,3-dihydroxy-6-methyl-hept-2-enoate (13): Biosynthesis of cyclopropanol rings in bacterial toxins
要素Ketol-acid reductoisomerase
キーワードLYASE / Pathogens / Natural Products / Toxins / Biosynthesis / Catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ketol-acid reductoisomerase, C-terminal / Ketol-acid reductoisomerase / Ketol-acid reductoisomerase, N-terminal / Acetohydroxy acid isomeroreductase, catalytic domain / Acetohydroxy acid isomeroreductase, NADPH-binding domain / KARI N-terminal domain profile. / KARI C-terminal domain profile. / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase, NAD binding domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(Z)-6-methyl-2,3-bis(oxidanyl)hept-2-enoic acid / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 1309 - 325871075 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2022
タイトル: Pathogenic bacteria remodel central metabolic enzyme to build a cyclopropanol warhead.
著者: Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida-Ito, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C.
履歴
登録2021年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ketol-acid reductoisomerase
B: Ketol-acid reductoisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,23311
ポリマ－77,4332
非ポリマー1,7999
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16260 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area23590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.810, 83.610, 100.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ketol-acid reductoisomerase


分子量: 38716.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア)
株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: ilvC-2, BTH_II2094 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2T3G7, ketol-acid reductoisomerase (NADP+)

-
非ポリマー , 5種, 120分子

#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-7I3 / (Z)-6-methyl-2,3-bis(oxidanyl)hept-2-enoic acid / (Z)-2,3-dihydroxy-6-methyl-hept-2-enoate


分子量: 174.194 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris; 0.8 M LiCl, 8% PEG 4K, 2 mM NAD+, 5 mM MgCl2, 2 mM 13

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 40243 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5297

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PCC

7pcc


解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 14.123 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2012 5 %RANDOM
Rwork0.2034 ---
obs0.2053 38214 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.49 Å2 / Biso mean: 28.561 Å2 / Biso min: 16.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å20 Å2
2---1.87 Å20 Å2
3---2.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5209 0 117 111 5437
Biso mean--29.09 27.76 -
残基数----681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0135427
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2931.6457378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1731.58311519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3635679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.41820.4325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5615816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7661560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026289
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021245
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.67310449
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 147 -
Rwork0.283 2787 -
all-2934 -
obs--99.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0264-0.00020.00160.044-0.01580.02550.00090.00610.007-0.0008-0.00490.00590.00270.00520.0040.0005-0.001-0.00090.0351-0.00010.057214.68323.835-15.885
20.023-0.0208-0.0020.09070.03360.0357-0.0025-0.0026-0.0015-0.00060.00350.00190.0041-0.002-0.00110.00160.0003-0.00080.0347-0.00080.056923.231-5.544-15.56
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 341
2X-RAY DIFFRACTION1A801 - 803
3X-RAY DIFFRACTION1B401
4X-RAY DIFFRACTION2B2 - 342
5X-RAY DIFFRACTION2A804
6X-RAY DIFFRACTION2B402 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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