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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pcm | ||||||
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タイトル | BurG (holo) in complex with (Z)-2,3-dihydroxy-6-methyl-hept-2-enoate (13): Biosynthesis of cyclopropanol rings in bacterial toxins | ||||||
![]() | Ketol-acid reductoisomerase | ||||||
![]() | LYASE / Pathogens / Natural Products / Toxins / Biosynthesis / Catalysis | ||||||
機能・相同性 | ![]() ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Pathogenic bacteria remodel central metabolic enzyme to build a cyclopropanol warhead. 著者: Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida-Ito, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 278.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 224 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pccSC ![]() 7pceC ![]() 7pcgC ![]() 7pciC ![]() 7pclC ![]() 7pcnC ![]() 7pcoC ![]() 7pctC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38716.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: ilvC-2, BTH_II2094 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q2T3G7, ketol-acid reductoisomerase (NADP+) |
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-非ポリマー , 5種, 120分子 ![](data/chem/img/NAI.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/7I3.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/7I3.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris; 0.8 M LiCl, 8% PEG 4K, 2 mM NAD+, 5 mM MgCl2, 2 mM 13 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 40243 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 5297 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7PCC 解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 14.123 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.49 Å2 / Biso mean: 28.561 Å2 / Biso min: 16.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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