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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pcl | ||||||
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タイトル | BurG (holo) in complex with 2-hydroxy-2-(hydroxy(isopropyl)amino)acetate (11): Biosynthesis of cyclopropanolrings in bacterial toxins | ||||||
要素 | Ketol-acid reductoisomerase | ||||||
キーワード | LYASE / Pathogens / Natural Products / Toxins / Biosynthesis / Catalysis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia thailandensis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2022 タイトル: Pathogenic bacteria remodel central metabolic enzyme to build a cyclopropanol warhead. 著者: Trottmann, F. / Ishida, K. / Ishida-Ito, M. / Kries, H. / Groll, M. / Hertweck, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pcl.cif.gz | 281.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pcl.ent.gz | 226.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pcl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pcl_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pcl_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pcl_validation.xml.gz | 27.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pcl_validation.cif.gz | 38.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/7pcl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7pccSC 7pceC 7pcgC 7pciC 7pcmC 7pcnC 7pcoC 7pctC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38716.699 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア) 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: ilvC-2, BTH_II2094 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q2T3G7, ketol-acid reductoisomerase (NADP+) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris; 0.8 M LiCl, 8% PEG 4K, 2 mM NADH, 5 mM MgCl2, 2 mM 11 PH範囲: 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 40538 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 5331 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7PCC 解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 10.474 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.3 Å2 / Biso mean: 23.579 Å2 / Biso min: 13.81 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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