PDB-7p8p: Crystal structure of Fhit covalently bound to a nucleotide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p8p

タイトル

Crystal structure of Fhit covalently bound to a nucleotide

要素

Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase

キーワード

HYDROLASE / Fhit / Ap3A

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase / adenylylsulfatase / diadenosine triphosphate catabolic process / adenylylsulfate-ammonia adenylyltransferase activity / adenylylsulfatase activity / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / purine nucleotide metabolic process / 加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.34 Å

データ登録者

Herzog, D. / Missun, M. / Diederichs, K. / Marx, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Chemical Proteomics of the Tumor Suppressor Fhit Covalently Bound to the Cofactor Ap 3 A Elucidates Its Inhibitory Action on Translation.
著者: Herzog, D. / Jansen, J. / Missun, M. / Diederichs, K. / Stengel, F. / Marx, A.

履歴

登録	2021年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p8p.cif.gz	399.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p8p.ent.gz	274.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7p8p_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p8p_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7p8p_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	7p8p_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p8p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4fitS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase

B: Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase

C: Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase

D: Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase

ヘテロ分子

77.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase

D: Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase

C: Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.422, 61.736, 198.009
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 95 or (resid 96...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 95 or (resid 96...
d_3	ens_1	(chain "C" and resid 2 through 147)
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 95 or (resid 96...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	SER	GLN	A	1 - 127
d_2	1	ens_1	SER	HIS	C	1 - 107
d_2	2	ens_1	SER	GLN	C	127 - 146
d_3	1	ens_1	SER	GLN	E	1 - 127
d_4	1	ens_1	SER	HIS	H	1 - 107
d_4	2	ens_1	SER	GLN	H	120 - 139

#1: タンパク質	Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase / AP3A hydrolase / AP3Aase / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P3-triphosphate hydrolase / ...AP3A hydrolase / AP3Aase / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P3-triphosphate hydrolase / Dinucleosidetriphosphatase / Fragile histidine triad protein 分子量: 18804.285 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FHIT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49789, bis(5'-adenosyl)-triphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-6BI / [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-(ethylamino)purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate 分子量: 522.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₈ClN₆O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus condition G8: 0.1 M Carboxylic acids, 0.1 M Buffer System 2, 37.5 % v/v Precipitant Mix 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999871 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999871 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.336→46.33 Å / Num. obs: 45307 / % possible obs: 86 % / 冗長度: 5.69 % / B_iso Wilson estimate: 39.19 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_rim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 6.93
反射シェル	解像度: 2.336→2.348 Å / Num. unique obs: 3173 / CC_1/2: 0.317 / R_rim(I) all: 1.622

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4085	精密化
PHENIX	1.19_4085	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FIT

4fit

解像度: 2.34→46.33 Å / SU ML: 0.3344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.1346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2457	1979	7.93 %
R_work	0.1928	22991	-
obs	0.197	24970	88.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.34→46.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4342	0	127	78	4547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4586
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8814	6218
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0507	677
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	850
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2188	1736

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.964253984895
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.968598125155
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.01320757196

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.34-2.4	0.4283	39	0.4551	518	X-RAY DIFFRACTION	27.98
2.4-2.46	0.4098	100	0.3661	1152	X-RAY DIFFRACTION	63.94
2.46-2.53	0.3799	119	0.3046	1370	X-RAY DIFFRACTION	75.28
2.53-2.62	0.3211	129	0.2804	1495	X-RAY DIFFRACTION	82.39
2.62-2.71	0.324	145	0.2692	1676	X-RAY DIFFRACTION	92.62
2.71-2.82	0.3223	157	0.2495	1822	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.82-2.95	0.3022	157	0.2364	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-3.1	0.259	160	0.2194	1844	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.29	0.2535	157	0.2014	1824	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.29-3.55	0.2225	158	0.1767	1836	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.91	0.2226	159	0.1609	1845	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.47	0.2062	163	0.1439	1887	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.47-5.63	0.1988	164	0.1435	1891	X-RAY DIFFRACTION	100
5.63-46.33	0.2161	172	0.1805	2003	X-RAY DIFFRACTION	99.91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.09963208123	-0.401428945903	1.10391066685	8.38409926076	-6.15730162868	7.29777489048	-0.321106021622	-0.851476453655	-0.287519055902	0.125703998524	-0.212881908222	0.0484610016547	0.249399034219	2.01785096826	0.523996725793	0.481606788417	0.0692392087819	0.138215625038	0.539454331855	-0.00974462090015	0.302520693799	-11.4285736855	25.4471945505	24.8784307916
2	1.3119986885	-1.86427719591	-0.828375908149	2.53339602407	1.856791063	9.96372697028	0.0775430800705	0.0475063382131	0.101644430866	-0.223230246412	-0.0959026005769	-0.128087263779	0.225196755994	0.275632219983	0.00509354975933	0.619710087375	-0.125285567026	0.0468497077967	0.334625147758	0.0297176509767	0.26691655764	-14.8185477643	35.1955988532	22.4716821027
3	6.27328405441	1.31992091662	4.95088305414	0.790627078929	0.930715939534	4.65877659408	0.136046224088	0.0792177801144	-0.4598933811	-0.216239338153	-0.0667455988421	-0.137976383345	1.06429515769	0.104757386783	-0.302859116701	0.607582533847	-0.114108115041	0.0252536480014	0.318263333992	-0.0679088775901	0.233406908386	-21.8371833275	28.1072204736	25.955719077
4	4.74497273666	0.52085887159	2.96529536662	1.48428860942	1.16217973699	6.89626390951	-0.201560844567	-0.0724076366006	0.090372995356	0.1602195811	0.0675000363051	-0.0468866764172	-0.318729510739	0.130425216763	0.150396646035	0.579245483486	-0.0731358394685	0.0181711988692	0.284526418262	-0.0447198456166	0.23007544593	-25.0839022814	38.2869721031	27.1132678056
5	3.34850333036	0.756796330171	-2.0452431454	6.00419153512	-6.33289383917	8.21688379914	-0.311812940897	0.384813102746	-0.19355672432	-0.037109780633	0.30575204983	0.345663321245	1.37792662782	-0.279354839393	-0.0758867539867	0.605741948361	-0.0172941863337	0.0715217230173	0.379615320342	-0.0470099645607	0.27939809539	-27.2969147782	23.972837508	35.8964149703
6	6.44774905006	-2.09678546492	3.81935862067	3.97757922592	-1.21718493036	4.73232603535	0.4347976632	0.505539575571	-0.131471356337	-0.561354208666	-0.222696104774	0.171835345243	0.516951644135	0.377247885467	-0.258908566921	0.511455783731	-0.0545649372668	0.000300844735442	0.421832936993	-0.0380804635218	0.218372280606	-25.3571949637	27.624211207	27.9589088228
7	2.017475718	-1.45375902681	-2.79887992717	0.710795042818	0.145057562464	2.88174948218	-0.451077410987	0.249180624283	-2.43822053708	-0.51724623945	-0.00513116524276	0.637609356863	1.08008894665	-0.938216766328	0.0202904449972	0.468309187958	-0.337058461012	-0.174874405438	0.807385153131	-0.115057683347	0.591609977474	-32.9191138103	24.8250912563	15.440645671
8	4.40547024911	-5.27853510265	-5.55266196673	6.30036192733	6.67835804258	7.40167225594	0.0930148724647	-0.281539027585	-0.0208822437345	0.00871304166649	0.100084081803	-0.0875966057761	-0.441361813199	0.758271483946	-0.121930150627	0.44346420491	-0.0362423665609	-0.0423300626014	0.428970110901	-0.0170808773368	0.228942706703	-18.7172605744	34.5010385677	12.16908913
9	6.645920368	-0.880952199576	3.16008419245	3.93032814067	-2.09686037262	9.50541751344	0.433373697414	-0.0600391548711	0.648381704756	0.137621009958	-0.0850253255769	0.395762916362	-1.46595898578	1.07618923633	-0.503259491739	0.725046968119	0.0413073499456	0.199134640884	0.467860424567	-0.0543448548788	0.335272042944	-6.42499031091	17.2440673382	26.7861411395
10	2.54092011737	-0.505033049445	1.79917571299	8.52607764426	6.27321523191	6.57442091513	-0.260637844539	-0.414429620743	0.0292098788675	-0.0113734012757	0.127361291625	0.391348557007	-0.107961164848	0.262093330091	0.146561797647	0.642299780267	0.0366244581326	0.0575987062054	0.413872414542	0.0219976721256	0.285918340385	-2.98382179469	9.37547847417	34.096842757
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25	25	chain 'B' and (resid 132 through 147 )	B	C	132 - 147	131 - 146
26	26	chain 'D' and (resid 2 through 102 )	D	H	2 - 102	1 - 101
27	27	chain 'D' and (resid 103 through 147 )	D	H	103 - 147	102 - 139

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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