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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p1m | ||||||
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タイトル | Galectin-8 N-terminal carbohydrate recognition domain in complex with benzimidazole D-galactal ligand | ||||||
要素 | Galectin-8 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Inhibitor / complex / Galectin / Lectin / D-galactal | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lymphatic endothelial cell migration / xenophagy / cellular response to virus / integrin binding / cytoplasmic vesicle / carbohydrate binding / extracellular space / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å | ||||||
データ登録者 | Hassan, M. / Hakansson, M. / Nilsson, J.U. / Kovacic, R. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021 タイトル: Structure-Guided Design of d-Galactal Derivatives with High Affinity and Selectivity for the Galectin-8 N-Terminal Domain. 著者: Hassan, M. / Baussiere, F. / Guzelj, S. / Sundin, A.P. / Hakansson, M. / Kovacic, R. / Leffler, H. / Tomasic, T. / Anderluh, M. / Jakopin, Z. / Nilsson, U.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p1m.cif.gz | 154.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p1m.ent.gz | 121.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p1m_validation.pdf.gz | 961 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p1m_full_validation.pdf.gz | 963.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p1m_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p1m_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/7p1m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17081.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00214 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.85 % |
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結晶化 | 温度: 293.5 K / 手法: liquid diffusion / pH: 8 詳細: Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 ...詳細: Buffer (10mM Tris/HCl pH 8.0, 150 mM NaCl, 10 mm lactose and 1 mM TCEP) mixed with reservoir 25% (w/v) PEG 2000 monomethylethyer (MME), a cryo solution (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 10 mM lactose, 25% (w/v) PEG 2000 MME, 20% ethylene glycol (EG) and 1 mM TCEP) and flash-frozen in liquid nitrogen. A co-crystal with lactose, grown from a seeded drop with 24% (w/v) PEG 2000 MME in the reservoir, was used to soak in compound 1 by transferring crystals in three steps to different soaking drops. First to a 2 ul drop with glycerol ( 20% (v/v) glycerol, 25% (w/v PEG 2000 MME, 10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl and 1 mM TCEP) and secondly to a 2 ul drop with 10 mM compound 1 (10 mM Tris/HCl pH 8.0, 50 mM NaCl, 5 mM compound 1, 25% (w/v) PEG 2000 MME and 1 mM TCEP) and thirdly to a second drop with 5 mM compound 1 (same composition as before). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293.5 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97935 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.52→49.91 Å / Num. obs: 3108 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.52→1.56 Å / Rmerge(I) obs: 1.61 / Num. unique obs: 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5GZD 解像度: 1.52→49.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 6.574 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.956 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.52→49.91 Å
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拘束条件 |
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