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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7osq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase (MurB) from Pseudomonas aeruginosa in complex with FAD and a pyrazole derivative (fragment 18) | ||||||
要素 | UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Peptidoglycan-biosynthesis / Fragment based drug discovery | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity / peptidoglycan biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of cell shape / cell division / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å | ||||||
データ登録者 | Acebron-Garcia de Eulate, M. / Mayol-Llinas, J. / Blundell, T.L. / Kim, S.Y. / Mendes, V. / Abell, C. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Discovery of Novel Inhibitors of Uridine Diphosphate- N -Acetylenolpyruvylglucosamine Reductase (MurB) from Pseudomonas aeruginosa , an Opportunistic Infectious Agent Causing Death in ...タイトル: Discovery of Novel Inhibitors of Uridine Diphosphate- N -Acetylenolpyruvylglucosamine Reductase (MurB) from Pseudomonas aeruginosa , an Opportunistic Infectious Agent Causing Death in Cystic Fibrosis Patients. 著者: Acebron-Garcia-de-Eulate, M. / Mayol-Llinas, J. / Holland, M.T.O. / Kim, S.Y. / Brown, K.P. / Marchetti, C. / Hess, J. / Di Pietro, O. / Mendes, V. / Abell, C. / Floto, R.A. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7osq.cif.gz | 175.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7osq.ent.gz | 114.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7osq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7osq_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7osq_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7osq_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7osq_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7osq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7osq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37678.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: murB, PA2977 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZM7, UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-0JI / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.92 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% glycerol and 22% PEG 1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.96861 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96861 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.06693→75.908 Å / Num. obs: 27031 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.067→2.103 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured obs: 27421 / Num. unique obs: 2183 / CC1/2: 0.352 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JB1 解像度: 2.07→40.21 Å / SU ML: 0.2324 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.0181 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.07→40.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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