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- PDB-7orz: Crystal structure of UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7orz
タイトルCrystal structure of UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase (MurB) from Pseudomonas aeruginosa in complex with FAD and a pyrazole derivative (fragment 18)
要素UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peptidoglycan-biosynthesis / Fragment based drug discovery
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase activity / peptidoglycan biosynthetic process / FAD binding / cell wall organization / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of cell shape / cell division / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain superfamily / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase, C-terminal domain / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0IM / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Acebron-Garcia de Eulate, M. / Blundell, T.L. / Kim, S.Y. / Mendes, V. / Abell, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Other privateCystic Fibrosis Trust 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of Novel Inhibitors of Uridine Diphosphate- N -Acetylenolpyruvylglucosamine Reductase (MurB) from Pseudomonas aeruginosa , an Opportunistic Infectious Agent Causing Death in ...タイトル: Discovery of Novel Inhibitors of Uridine Diphosphate- N -Acetylenolpyruvylglucosamine Reductase (MurB) from Pseudomonas aeruginosa , an Opportunistic Infectious Agent Causing Death in Cystic Fibrosis Patients.
著者: Acebron-Garcia-de-Eulate, M. / Mayol-Llinas, J. / Holland, M.T.O. / Kim, S.Y. / Brown, K.P. / Marchetti, C. / Hess, J. / Di Pietro, O. / Mendes, V. / Abell, C. / Floto, R.A. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L.
履歴
登録2021年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5944
ポリマ－37,4611
非ポリマー1,1343
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area14750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.059, 88.059, 101.088
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase / UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase


分子量: 37460.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: murB, PA2977 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HZM7, UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-0IM / 1-phenyl-5-(trifluoromethyl)pyrazole-4-carboxylic acid


分子量: 256.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H7F3N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% glycerol and 22% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月25日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→76.26 Å / Num. obs: 37960 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.9 % / Biso Wilson estimate: 39.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.204 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 1.85→1.9516 Å / Num. unique obs: 5628 / CC1/2: 0.398 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JB1

4jb1


解像度: 1.85→44.03 Å / SU ML: 0.3187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.2523
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 1861 5.28 %
Rwork0.207 33396 -
obs0.2094 35257 92.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→44.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2576 0 24 65 2665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96853625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0537404
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.7707382
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.90.5691550.511926X-RAY DIFFRACTION33.67
1.9-1.960.43631290.43022257X-RAY DIFFRACTION81.66
1.96-2.020.41051460.38792616X-RAY DIFFRACTION95.74
2.02-2.090.3911540.34462747X-RAY DIFFRACTION99.35
2.09-2.180.29211550.29812731X-RAY DIFFRACTION99.55
2.18-2.270.28321490.24892751X-RAY DIFFRACTION99.49
2.27-2.390.26331490.23452768X-RAY DIFFRACTION99.97
2.39-2.540.29071550.2232732X-RAY DIFFRACTION99.55
2.54-2.740.26831480.21952768X-RAY DIFFRACTION99.73
2.74-3.020.24891560.21392746X-RAY DIFFRACTION99.83
3.02-3.450.24831570.18922772X-RAY DIFFRACTION99.93
3.45-4.350.2061570.16462773X-RAY DIFFRACTION100
4.35-44.030.2281510.17592809X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35591460940.415502490473-0.4716570081842.285615054630.9588980125335.39114151112-0.1297608088480.0769214702347-0.0312507512767-0.1179665905550.2993840932-0.2445963808470.02949498325421.18491866797-0.1634143816410.32429486109-0.006552183495260.0002166702481570.466642594837-0.0343880713780.329597978531-31.33647036515.9478767495-3.22399471999
21.663412135310.811134763066-0.09816745168632.841131948410.1338501700045.731162202650.0524581974089-0.29505317601-0.08387151352350.4736430611210.03355857850340.1078216447720.6635609774380.371200936127-0.07746588655340.491033045420.0328900740629-0.01996379298380.3457642200060.01551921922870.326794439179-40.215703535211.226259320815.3120513317
33.45690138251.0944610021-0.0399464649474.94337330019-0.2729788615346.66892819507-0.1357399447640.0609216398998-0.0375799261058-0.03515550579090.2779437953480.77623725321.13664310568-1.01085855365-0.1107452189280.640507730059-0.163115580668-0.0282117605480.4049011247140.04387303598330.442542343512-52.51780286412.79903935187-5.91350046614
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 176 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 177 through 227 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 228 through 339 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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