PDB-7olj: Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OUL219)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7olj

タイトル

Tankyrase 2 in complex with an inhibitor (OUL219)

要素

(Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / Inhibitor / Complex / ADP-ribosylation / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

XAV939 stabilizes AXIN / NAD+ ADP-ribosyltransferase / negative regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / protein auto-ADP-ribosylation / protein localization to chromosome, telomeric region / protein poly-ADP-ribosylation / pericentriolar material / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of telomere capping / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Sowa, S.T. / Lehtio, L.

資金援助

フィンランド, 2件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Analogs of TIQ-A as inhibitors of human mono-ADP-ribosylating PARPs.
著者: Maksimainen, M.M. / Murthy, S. / Sowa, S.T. / Galera-Prat, A. / Rolina, E. / Heiskanen, J.P. / Lehtio, L.

履歴

登録	2021年5月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月16日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name
改定 1.2	2023年6月21日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7olj.cif.gz	110.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7olj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7olj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7olj_validation.pdf.gz	993.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7olj_full_validation.pdf.gz	994.8 KB	表示
XML形式データ	7olj_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	7olj_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7olj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/7olj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7om1C 7omcC 7oqqC 7ospC 7ossC 7osxC 7otfC 7othC 7ouwC 7ouxC 5owsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l33-1 5nsp-1 3uh2-2 5nut-1 4bui-1 4bu9-2 5al3-1 5c5p-2 4pnl-3 7omc-1 3kr8-1 6tkp-1 4l0s-1 4uvn-2 4uvt-1 4kzu-1 4buf-1 5nwb-2 4hlg-1 4n3r-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#250 - 2020年10月カプサイシン受容体TRPV1 (Capsaicin Receptor TRPV1) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

50.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

A: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric in solution.
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

B: Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.930, 98.530, 119.370
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-1375- HOH
2	1	BBB-1329- HOH

-
Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase- ... , 2種, 4分子 AAABBBAB

#1: タンパク質	Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-2 / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-2 / TANK2 / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 19482.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド	Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein poly-ADP-ribosyltransferase tankyrase-2 / TNKS-2 / TRF1-interacting ankyrin-related ADP-ribose polymerase 2 / Tankyrase II / Tankyrase-2 / TANK2 / Tankyrase-like protein / Tankyrase-related protein 分子量: 5364.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#1: タンパク質

Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...

分子量: 19482.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

#2: タンパク質・ペプチド

Poly [ADP-ribose] polymerase tankyrase-2 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 6 / ARTD6 / Poly [ADP-ribose] polymerase 5B / Protein ...

分子量: 5364.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNKS2, PARP5B, TANK2, TNKL / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H2K2, NAD+ ADP-ribosyltransferase, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 297分子

#3: 化合物	ChemComp-VJN / 8-propan-2-yloxy-4~{H}-thieno[2,3-c]isoquinolin-5-one 分子量: 259.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₃NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.31 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM Tris pH=8.5, 200mM Lithium Sulphate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 49857 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.28
反射シェル	解像度: 1.8→1.864 Å / Num. unique obs: 4954 / CC_1/2: 0.759

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OWS

5ows

解像度: 1.8→44.554 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.066 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2126	2493	5.001 %
R_work	0.191	47353	-
all	0.192	-	-
obs	-	49846	99.838 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.561 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.712 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.635 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.923 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3337	0	64	288	3689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.258	1.646	4762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.203	1.581	7335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.905	5	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.939	21.132	212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.14	15	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.483	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	609
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	1641
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.204	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.826	3.518	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.826	3.517	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.865	5.257	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.865	5.258	2099
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.182	3.762	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.18	3.75	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.498	5.547	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.495	5.528	2637
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.425	40.229	3970
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.377	39.903	3917

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.308	182	0.322	3460	X-RAY DIFFRACTION	99.9451
1.847-1.897	0.305	179	0.281	3391	X-RAY DIFFRACTION	99.8601
1.897-1.952	0.352	172	0.314	3275	X-RAY DIFFRACTION	99.5955
1.952-2.012	0.25	169	0.238	3202	X-RAY DIFFRACTION	99.9407
2.012-2.078	0.227	162	0.219	3088	X-RAY DIFFRACTION	99.9385
2.078-2.151	0.254	159	0.211	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.9685
2.151-2.232	0.223	152	0.208	2894	X-RAY DIFFRACTION	99.9672
2.232-2.324	0.197	146	0.204	2776	X-RAY DIFFRACTION	99.4554
2.324-2.427	0.217	141	0.189	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.8933
2.427-2.545	0.243	136	0.188	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.545-2.683	0.255	130	0.2	2482	X-RAY DIFFRACTION	99.9617
2.683-2.846	0.215	121	0.192	2299	X-RAY DIFFRACTION	99.9174
2.846-3.042	0.214	115	0.185	2186	X-RAY DIFFRACTION	99.9566
3.042-3.285	0.215	106	0.192	2017	X-RAY DIFFRACTION	99.9529
3.285-3.599	0.205	100	0.18	1886	X-RAY DIFFRACTION	99.799
3.599-4.023	0.194	90	0.171	1708	X-RAY DIFFRACTION	99.8334
4.023-4.645	0.137	79	0.142	1510	X-RAY DIFFRACTION	99.6238
4.645-5.686	0.166	69	0.154	1302	X-RAY DIFFRACTION	99.5643
5.686-8.032	0.261	53	0.197	1019	X-RAY DIFFRACTION	99.9068

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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