PDB-7obo: GSTF1 from Alopecurus myosuroides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7obo

タイトル

GSTF1 from Alopecurus myosuroides

要素

Glutathione transferase

キーワード

TRANSFERASE / Glutathione-S-transferase / Ligandin / flavonoid binding / mult-herbicide resistence

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to toxic substance / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Alopecurus myosuroides (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pohl, E. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Flavonoid-based inhibitors of the Phi-class glutathione transferase from black-grass to combat multiple herbicide resistance.
著者: Schwarz, M. / Eno, R.F.M. / Freitag-Pohl, S. / Coxon, C.R. / Straker, H.E. / Wortley, D.J. / Hughes, D.J. / Mitchell, G. / Moore, J. / Cummins, I. / Onkokesung, N. / Brazier-Hicks, M. / ...

履歴

登録	2021年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7obo.cif.gz	174.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7obo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7obo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7obo_validation.pdf.gz	733.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7obo_full_validation.pdf.gz	734.4 KB	表示
XML形式データ	7obo_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	7obo_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6to3C 7odmC 6tjsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

AAA: Glutathione transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
50.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.896, 112.896, 101.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Glutathione transferase 分子量: 24993.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alopecurus myosuroides (植物) / 遺伝子: GST2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZS17, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-V7K / (2~{S})-2-azanyl-5-[[(2~{R})-1-(2-hydroxy-2-oxoethylamino)-3-[(7-nitro-2,1,3-benzoxadiazol-4-yl)sulfanyl]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-5-oxidanylidene-pentanoic acid 分子量: 470.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈N₆O₉S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Morpheus screen followed by screening

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→35.7 Å / Num. obs: 394340 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26 % / CC_1/2: 0.069 / Net I/σ(I): 26
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / R_merge(I) obs: 0.971 / Num. unique obs: 1424

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6TJS

6tjs

解像度: 2.3→35.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 13.745 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.24	715	4.8 %
R_work	0.1931	14180	-
all	0.195	-	-
obs	-	14895	99.839 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.932 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.761 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.761 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.521 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→35.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1712	0	32	51	1795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.97	1.667	2456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.422	1.587	3829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.496	5	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.47	22.727	88
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.933	15	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.69	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	843
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	858
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.028	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.506	3.547	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.5	3.547	862
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.576	5.305	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.576	5.309	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.256	3.951	939
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.254	3.956	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.802	5.807	1380
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.804	5.814	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.149	67.906	7483
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.128	67.812	7469

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.323	46	0.258	1032	X-RAY DIFFRACTION	99.7225
2.36-2.424	0.277	49	0.241	1000	X-RAY DIFFRACTION	99.8097
2.424-2.494	0.278	46	0.225	982	X-RAY DIFFRACTION	100
2.494-2.571	0.282	45	0.228	951	X-RAY DIFFRACTION	100
2.571-2.655	0.262	49	0.223	906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.655-2.748	0.281	44	0.212	893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.748-2.852	0.239	43	0.22	874	X-RAY DIFFRACTION	100
2.852-2.968	0.271	40	0.234	832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.968-3.1	0.363	37	0.245	801	X-RAY DIFFRACTION	99.8808
3.1-3.251	0.217	46	0.247	760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.251-3.427	0.293	38	0.216	726	X-RAY DIFFRACTION	99.8693
3.427-3.634	0.194	41	0.194	706	X-RAY DIFFRACTION	99.8663
3.634-3.885	0.214	35	0.18	646	X-RAY DIFFRACTION	100
3.885-4.195	0.167	20	0.169	628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.195-4.594	0.193	31	0.156	556	X-RAY DIFFRACTION	100
4.594-5.134	0.276	28	0.154	521	X-RAY DIFFRACTION	100
5.134-5.924	0.217	36	0.193	454	X-RAY DIFFRACTION	100
5.924-7.246	0.257	19	0.179	399	X-RAY DIFFRACTION	100
7.246-10.205	0.189	12	0.149	320	X-RAY DIFFRACTION	100
10.205-35.7	0.351	10	0.222	193	X-RAY DIFFRACTION	96.6667

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.2246 Å / Origin y: 1.7619 Å / Origin z: -22.3631 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2287 Å²	0.0117 Å²	0.1441 Å²	-	0.2865 Å²	-0.2645 Å²	-	-	0.4295 Å²
L	3.84 °²	0.9568 °²	-1.9772 °²	-	0.6561 °²	-0.2716 °²	-	-	3.0104 °²
S	-0.3883 Å °	0.3867 Å °	-0.2738 Å °	-0.2278 Å °	-0.2158 Å °	0.1566 Å °	0.1558 Å °	-0.4335 Å °	0.6041 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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