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万見
- PDB-7nvp: Trypanothione reductase from Trypanosoma brucei in complex with N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nvp
タイトルTrypanothione reductase from Trypanosoma brucei in complex with N-{4-methoxy-3-[(4-methoxyphenyl)sulfamoyl]phenyl}-5-nitrothiophene-2-carboxamide
要素N(1),N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trypanothione / neglected tropical diseases / inhibition / redox equilibrium
機能・相同性
機能・相同性情報


trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glycosome / ciliary plasm / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / nucleoplasm / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Trypanothione reductase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-UT2 / Trypanothione reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.153 Å
データ登録者Battista, T. / Fiorillo, A. / Colotti, G. / Ilari, A.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of EducationFISR2019_03796 PROLEISH イタリア
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Optimization of Potent and Specific Trypanothione Reductase Inhibitors: A Structure-Based Drug Discovery Approach.
著者: Battista, T. / Federico, S. / Brogi, S. / Pozzetti, L. / Khan, T. / Butini, S. / Ramunno, A. / Fiorentino, E. / Orsini, S. / Di Muccio, T. / Fiorillo, A. / Exertier, C. / Di Risola, D. / ...著者: Battista, T. / Federico, S. / Brogi, S. / Pozzetti, L. / Khan, T. / Butini, S. / Ramunno, A. / Fiorentino, E. / Orsini, S. / Di Muccio, T. / Fiorillo, A. / Exertier, C. / Di Risola, D. / Colotti, G. / Gemma, S. / Ilari, A. / Campiani, G.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: N(1),N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase
BBB: N(1),N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,97014
ポリマ－106,7082
非ポリマー3,26312
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11240 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area37280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.096, 133.334, 158.912
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 5 - 489 / Label seq-ID: 6 - 490

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AAAA
22BBBB

NCSアンサンブル: (詳細: Global NCS restraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 N(1),N(8)-bis(glutathionyl)spermidine reductase / Trypanothione reductase


分子量: 53353.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Histidine tag is present at the N-term
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (strain 927/4 GUTat10.1) (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb10.406.0520 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q389T8, trypanothione-disulfide reductase

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非ポリマー , 5種, 185分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UT2 / N-{4-methoxy-3-[(4-methoxyphenyl)sulfamoyl]phenyl}-5-nitrothiophene-2-carboxamide / ~{N}-[4-methoxy-3-[(4-methoxyphenyl)sulfamoyl]phenyl]-5-nitro-thiophene-2-carboxamide / N-[4-methoxy-3-[(4-methoxyphenyl)sulfamoyl]phenyl]-5-nitro-thiophene-2-carboxamide


分子量: 463.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17N3O7S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.51 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: TbTR (10 mg/ml) in 20 mM HEPES pH 7.4; cocrystallisation with 2 mM A1/7 (incubation O/N, 283.15 K). Hanging drop vapor diffusion method + seeding, Crystallisation conditions: 100 mM Hepes pH ...詳細: TbTR (10 mg/ml) in 20 mM HEPES pH 7.4; cocrystallisation with 2 mM A1/7 (incubation O/N, 283.15 K). Hanging drop vapor diffusion method + seeding, Crystallisation conditions: 100 mM Hepes pH 7-8 + 2.2-2.3 M Ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.153→158.912 Å / Num. obs: 76940 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1439 / Rpim(I) all: 0.04142 / Rrim(I) all: 0.1499 / Net I/σ(I): 12.14
反射 シェル解像度: 2.153→2.23 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 1.595 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 7477 / CC1/2: 0.635 / Rpim(I) all: 0.4854 / % possible all: 98.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WBA

2wba


解像度: 2.153→102.143 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 7.17 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2777 3832 5 %
Rwork0.2399 72803 -
all0.242 --
obs-76635 99.71 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 51.112 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.472 Å2-0 Å20 Å2
2--0.552 Å2-0 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.153→102.143 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7438 0 209 175 7822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0137869
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0177422
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.64210712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2271.57817135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2035991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97723.11344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.816151288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7071534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.028867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21661
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.190.27194
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.23742
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0740.23544
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.240.2272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1090.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1530.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3380.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.360.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6185.2063931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6175.2043930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6077.7974915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6077.7984916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6965.6843938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6665.6653911
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0148.3585791
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.9918.3295750
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.33460.8478688
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.31960.8578664
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Rms dev Biso : 11.4405 Å2 / Rms dev position: 0.05048 Å / Weight Biso : 0.5 / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1AAA
2BBB
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.153-2.2090.3612720.3025281X-RAY DIFFRACTION98.8078
2.209-2.2690.3092780.2715143X-RAY DIFFRACTION99.3585
2.269-2.3350.3232640.2735024X-RAY DIFFRACTION99.5669
2.335-2.4070.3252710.2684888X-RAY DIFFRACTION99.6138
2.407-2.4860.3712680.3024725X-RAY DIFFRACTION99.6408
2.486-2.5730.3342190.2744619X-RAY DIFFRACTION99.7731
2.573-2.670.3232540.2774447X-RAY DIFFRACTION99.8301
2.67-2.7790.3472210.2874301X-RAY DIFFRACTION99.8675
2.779-2.9030.3472080.2864136X-RAY DIFFRACTION99.8391
2.903-3.0440.3172150.2813940X-RAY DIFFRACTION99.9759
3.044-3.2090.311960.273756X-RAY DIFFRACTION99.9747
3.209-3.4030.3331990.2663572X-RAY DIFFRACTION99.9205
3.403-3.6380.2921770.2523365X-RAY DIFFRACTION99.9436
3.638-3.9290.2481690.2353155X-RAY DIFFRACTION99.9699
3.929-4.3030.2341680.2022887X-RAY DIFFRACTION99.9673
4.303-4.810.1891360.1922654X-RAY DIFFRACTION99.9642
4.81-5.5520.2261190.2022346X-RAY DIFFRACTION99.9189
5.552-6.7950.244860.2172020X-RAY DIFFRACTION99.9525
6.795-9.5880.203780.1651600X-RAY DIFFRACTION100
9.588-102.143X-RAY DIFFRACTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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