PDB-7nq0: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH oxabicyclo(hexan-6-yl)-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nq0

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH oxabicyclo(hexan-6-yl)-N2-methyl-6-((S)-1-phenylethyl)pyridine-2,4-dicarboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification of a Series of N -Methylpyridine-2-carboxamides as Potent and Selective Inhibitors of the Second Bromodomain (BD2) of the Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Proteins.
著者: Harrison, L.A. / Atkinson, S.J. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Levernier, E. / Lewis, A. / Lugo, D. / Messenger, C. / Michon, A.M. / Mitchell, D.J. / Preston, A. / ...

履歴

登録	2021年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nq0.cif.gz	48.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nq0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nq0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nq0_validation.pdf.gz	937.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nq0_full_validation.pdf.gz	937.7 KB	表示
XML形式データ	7nq0_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	7nq0_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7npyC 7npzC 7nq1C 7nq2C 7nq3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6u6n-d 7nq7-d 6zb2-d 7nq3-d 5hfr-1 6i81-d 5xhk-d 2wp2-1 7lel-1 6z8p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.170, 53.167, 32.511
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-775- HOH
2	1	AAA-809- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ULN / ~{N}2-methyl-~{N}4-[(1~{R},5~{S})-3-oxabicyclo[3.1.0]hexan-6-yl]-6-[(1~{S})-1-phenylethyl]pyridine-2,4-dicarboxamide 分子量: 365.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₃N₃O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→43.01 Å / Num. obs: 32074 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 1.3→1.45 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.419 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 8957 / CC_1/2: 0.866 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.3→43.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 0.858 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.051 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1919	1561	4.873 %
R_work	0.1748	30475	-
all	0.176	-	-
obs	-	32036	99.118 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.457 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.341 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.798 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→43.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	926	0	54	211	1191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	981
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.171	1.657	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.228	1.627	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.577	5	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.294	21.356	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.174	15	178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.713	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.157	0.2	707
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	346
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	97
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.117	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.119	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.101	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.069	2.252	476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.06	2.243	475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.841	5.038	602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.842	5.052	603
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.482	2.602	575
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.48	2.601	576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.5	5.597	808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.498	5.597	809
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.037	22.642	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.034	22.635	1215

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.295-1.329	0.285	98	0.271	2219	0.272	2343	0.805	0.836	98.8903	0.253
1.329-1.365	0.241	112	0.256	2137	0.255	2271	0.876	0.858	99.0313	0.237
1.365-1.405	0.236	107	0.237	2114	0.237	2244	0.885	0.889	98.975	0.213
1.405-1.448	0.237	110	0.217	2045	0.218	2161	0.896	0.911	99.7224	0.196
1.448-1.495	0.211	98	0.204	1996	0.204	2098	0.93	0.929	99.8093	0.181
1.495-1.548	0.199	96	0.189	1956	0.189	2061	0.945	0.948	99.5633	0.168
1.548-1.606	0.191	87	0.186	1857	0.186	1953	0.949	0.949	99.5392	0.168
1.606-1.672	0.181	91	0.184	1792	0.184	1896	0.955	0.951	99.3143	0.167
1.672-1.746	0.207	82	0.182	1748	0.183	1830	0.943	0.957	100	0.169
1.746-1.831	0.203	85	0.171	1658	0.173	1747	0.947	0.959	99.771	0.163
1.831-1.93	0.177	84	0.164	1575	0.164	1669	0.964	0.964	99.4008	0.162
1.93-2.047	0.177	78	0.16	1504	0.161	1595	0.959	0.963	99.185	0.164
2.047-2.188	0.199	88	0.154	1383	0.157	1482	0.949	0.964	99.2578	0.167
2.188-2.362	0.227	64	0.147	1313	0.15	1384	0.947	0.968	99.4942	0.165
2.362-2.587	0.166	55	0.158	1234	0.158	1298	0.959	0.967	99.3066	0.181
2.587-2.891	0.173	62	0.167	1094	0.168	1172	0.957	0.962	98.6348	0.199
2.891-3.336	0.198	60	0.163	956	0.165	1053	0.955	0.962	96.4862	0.204
3.336-4.079	0.175	46	0.147	841	0.148	905	0.969	0.974	98.0111	0.185
4.079-5.743	0.169	39	0.179	653	0.178	712	0.973	0.965	97.191	0.255
5.743-43.011	0.214	19	0.23	400	0.229	440	0.968	0.951	95.2273	0.329

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関連情報:EMDBヘッダ

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