PDB-7npy: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 6-benzyl-N2-methyl-N4-(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7npy

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH 6-benzyl-N2-methyl-N4-((1S,2S)-2-methylcyclopropyl)pyridine-2,4-dicarboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.601 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification of a Series of N -Methylpyridine-2-carboxamides as Potent and Selective Inhibitors of the Second Bromodomain (BD2) of the Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Proteins.
著者: Harrison, L.A. / Atkinson, S.J. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Levernier, E. / Lewis, A. / Lugo, D. / Messenger, C. / Michon, A.M. / Mitchell, D.J. / Preston, A. / ...

履歴

登録	2021年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7npy.cif.gz	62.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7npy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7npy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7npy_validation.pdf.gz	715.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7npy_full_validation.pdf.gz	715.6 KB	表示
XML形式データ	7npy_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	7npy_validation.cif.gz	11.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/7npy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/7npy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7npzC 7nq0C 7nq1C 7nq2C 7nq3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5o3g-1 3euy-2 7nq8-d 5jwm-2 5uev-d 5ek9-2 4uyg-3 5o3b-3 6swo-d 6zb1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.047, 52.310, 32.087
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-738- HOH

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-UL5 / ~{N}2-methyl-~{N}4-[(1~{S},2~{S})-2-methylcyclopropyl]-6-(phenylmethyl)pyridine-2,4-dicarboxamide 分子量: 323.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→52.31 Å / Num. obs: 15851 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.018 / Net I/σ(I): 36.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / R_merge(I) obs: 0.094 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique obs: 1793 / CC_1/2: 0.89 / % possible all: 75.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.601→14.656 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 2.434 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1731	774	4.914 %
R_work	0.1459	14978	-
all	0.147	-	-
obs	-	15752	94.829 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.646 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.249 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.192 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.441 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.601→14.656 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	912	0	36	162	1110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	918
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.235	1.649	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.34	1.624	2130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.731	5	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.057	21.607	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.917	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.322	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	210
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.169	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.094	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.165	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.121	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.082	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.064	2.315	459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.01	2.305	457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.797	5.187	577
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.804	5.202	577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.511	2.626	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.51	2.635	543
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.54	5.689	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.538	5.702	768
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.208	22.443	1199
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.009	21.559	1165

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.601-1.642	0.24	31	0.18	742	0.182	1171	0.943	0.955	66.012	0.149
1.642-1.686	0.222	47	0.177	938	0.179	1181	0.948	0.95	83.4039	0.146
1.686-1.734	0.209	63	0.17	974	0.173	1111	0.937	0.949	93.3393	0.143
1.734-1.787	0.165	63	0.159	1037	0.16	1115	0.961	0.96	98.6547	0.133
1.787-1.844	0.222	43	0.144	1008	0.147	1059	0.946	0.968	99.2446	0.124
1.844-1.908	0.174	59	0.149	958	0.151	1022	0.965	0.967	99.5108	0.128
1.908-1.979	0.194	30	0.141	975	0.143	1015	0.953	0.97	99.0148	0.127
1.979-2.058	0.178	51	0.135	906	0.137	963	0.965	0.974	99.3769	0.123
2.058-2.148	0.166	45	0.132	888	0.133	942	0.966	0.976	99.0446	0.126
2.148-2.25	0.163	45	0.127	825	0.128	882	0.971	0.977	98.6395	0.119
2.25-2.369	0.143	48	0.129	796	0.13	851	0.976	0.977	99.1774	0.124
2.369-2.508	0.155	32	0.135	770	0.136	808	0.968	0.976	99.2574	0.132
2.508-2.676	0.14	38	0.142	736	0.142	782	0.971	0.975	98.977	0.145
2.676-2.882	0.159	41	0.143	662	0.144	710	0.97	0.974	99.0141	0.145
2.882-3.145	0.159	38	0.147	619	0.147	662	0.97	0.975	99.2447	0.152
3.145-3.496	0.126	26	0.141	576	0.14	608	0.981	0.977	99.0132	0.153
3.496-4	0.2	30	0.14	519	0.143	558	0.963	0.98	98.3871	0.157
4-4.81	0.227	18	0.151	444	0.153	474	0.97	0.978	97.4684	0.19
4.81-6.463	0.199	15	0.171	372	0.173	398	0.974	0.969	97.2362	0.205
6.463-14.656	0.16	11	0.195	233	0.194	266	0.961	0.96	91.7293	0.239

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 33.4685 Å / Origin y: 10.4782 Å / Origin z: 1.2848 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.01 Å²	0.0025 Å²	0.0065 Å²	-	0.0068 Å²	-0.0008 Å²	-	-	0.0075 Å²
L	0.8195 °²	0.1154 °²	0.1184 °²	-	0.2937 °²	0.0027 °²	-	-	0.1143 °²
S	0.0376 Å °	0.0121 Å °	0.0051 Å °	0.0114 Å °	-0.0185 Å °	-0.002 Å °	-0.0224 Å °	-0.0085 Å °	-0.0191 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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