PDB-7neu: Inhibitor Complex with Thrombin Activatable Fibrinolysis Inhibito...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7neu

タイトル

Inhibitor Complex with Thrombin Activatable Fibrinolysis Inhibitor (TAFIa)

要素

Carboxypeptidase B2

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxypeptidase U / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of plasminogen activation / metallocarboxypeptidase activity / negative regulation of fibrinolysis / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / fibrinolysis / Regulation of Complement cascade / liver regeneration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Brown, D.G. / Schaffner, A.P. / Vuillard, L.M. / Gloanec, P. / Raimbauld, E.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Phosphinanes and Azaphosphinanes as Potent and Selective Inhibitors of Activated Thrombin-Activatable Fibrinolysis Inhibitor (TAFIa).
著者: Schaffner, A.P. / Sansilvestri-Morel, P. / Despaux, N. / Ruano, E. / Persigand, T. / Rupin, A. / Mennecier, P. / Vallez, M.O. / Raimbaud, E. / Desos, P. / Gloanec, P.

履歴

登録	2021年2月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7neu.cif.gz	293.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7neu.ent.gz	231.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7neu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7neu_validation.pdf.gz	847 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7neu_full_validation.pdf.gz	850.7 KB	表示
XML形式データ	7neu_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	7neu_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7neu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/7neu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7neeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d68-2 3d67-2 3d66-3 3d66-2 5mcd-1 7nee-d 5w11-1 3d68-1 3d66-1 2rfy-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6) #12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carboxypeptidase B2

ヘテロ分子

47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.420, 157.350, 64.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質

Carboxypeptidase B2 / Carboxypeptidase U / CPU / Plasma carboxypeptidase B / pCPB / Thrombin-activable fibrinolysis inhibitor / TAFI

分子量: 45963.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPB2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96IY4, carboxypeptidase U

#7: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 34分子

#2: 化合物	ChemComp-U9K / (1R,3S)-3-(4-ammoniobutyl)-1-(4-fluoro-2-(1-methyl-1H-imidazol-5-yl)benzyl)-1,4-azaphosphinan-1-ium-3-carboxylate 4,4-dioxide / 4-[(1~{R},3~{S})-3-carboxy-1-[[4-fluoranyl-2-(3-methylimidazol-4-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-1,4$l^{5}-azaphosphinan-1-ium-3-yl]butylazanium 分子量: 440.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₃₀FN₄O₄P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25 / 詳細: 100mM MES, 300mM Ammonium Chloride, 35% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→42.06 Å / Num. obs: 12711 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.01 / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 14.48
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 3.32 / Num. unique obs: 1240 / CC_1/2: 0.001

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.8→42.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.821 / SU B: 38.84 / SU ML: 0.352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.419 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2817	622	4.897 %
R_work	0.2012	12080	-
all	0.205	-	-
obs	-	12702	99.359 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.706 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.589 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.402 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.812 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→42.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3187	0	65	29	3281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	3345
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.769	1.651	4556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.251	1.583	6958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.981	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.072	22.139	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.696	15	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.467	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3776
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	813
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	674
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.04	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.143	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.568	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.271	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.452	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.558	1.436	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.558	1.437	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.001	2.152	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.001	2.152	1988
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.475	1.486	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.475	1.487	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.872	2.213	2568
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.872	2.214	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.909	16.126	3727
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.903	16.127	3727

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.872	0.383	50	0.329	873	X-RAY DIFFRACTION	99.2473
2.872-2.951	0.351	55	0.304	857	X-RAY DIFFRACTION	99.8905
2.951-3.037	0.363	47	0.275	832	X-RAY DIFFRACTION	99.8864
3.037-3.13	0.374	48	0.253	797	X-RAY DIFFRACTION	99.5289
3.13-3.232	0.401	46	0.237	787	X-RAY DIFFRACTION	99.4033
3.232-3.346	0.258	33	0.235	761	X-RAY DIFFRACTION	99.0025
3.346-3.472	0.278	37	0.214	722	X-RAY DIFFRACTION	99.6063
3.472-3.613	0.228	32	0.202	719	X-RAY DIFFRACTION	99.6021
3.613-3.774	0.255	34	0.192	698	X-RAY DIFFRACTION	99.7275
3.774-3.957	0.23	31	0.167	646	X-RAY DIFFRACTION	99.4126
3.957-4.171	0.255	29	0.162	628	X-RAY DIFFRACTION	99.5455
4.171-4.423	0.256	34	0.147	577	X-RAY DIFFRACTION	99.3496
4.423-4.728	0.177	20	0.155	578	X-RAY DIFFRACTION	100
4.728-5.105	0.225	24	0.149	520	X-RAY DIFFRACTION	99.0893
5.105-5.59	0.261	29	0.172	479	X-RAY DIFFRACTION	99.6078
5.59-6.247	0.234	21	0.167	452	X-RAY DIFFRACTION	99.789
6.247-7.206	0.235	20	0.17	388	X-RAY DIFFRACTION	98.7893
7.206-8.81	0.225	10	0.157	343	X-RAY DIFFRACTION	99.7175
8.81-12.391	0.225	15	0.165	266	X-RAY DIFFRACTION	98.5965
12.391-42.02	0.513	7	0.325	157	X-RAY DIFFRACTION	90.6077

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -27.3585 Å / Origin y: -20.5237 Å / Origin z: 8.1501 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2166 Å²	0.0082 Å²	-0.0191 Å²	-	0.0059 Å²	-0.0119 Å²	-	-	0.1805 Å²
L	0.8795 °²	0.1469 °²	-0.5579 °²	-	1.0365 °²	-0.2846 °²	-	-	1.9879 °²
S	0.0109 Å °	0.019 Å °	-0.0238 Å °	0.0317 Å °	0.0035 Å °	0.0113 Å °	-0.0319 Å °	-0.0961 Å °	-0.0145 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 401
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	501
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	502

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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