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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nc6 | ||||||
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タイトル | Glutathione-S-transferase GliG in complex with cyclo[L-Phe-L-Ser]-bis-glutathione-adduct | ||||||
![]() | Glutathione S-transferase GliG | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Aspergillus fumigatus / mycotoxin / glutathione-S-transferase / carbon-sulphur-bond / epidithiodioxopiperazine | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Groll, M. / Huber, E.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and Mechanistic Insights into C-S Bond Formation in Gliotoxin. 著者: Scherlach, K. / Kuttenlochner, W. / Scharf, D.H. / Brakhage, A.A. / Hertweck, C. / Groll, M. / Huber, E.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 603.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 502.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7nc1C ![]() 7nc2C ![]() 7nc3SC ![]() 7nc5C ![]() 7nc8C ![]() 7nc9C ![]() 7ncbC ![]() 7ncdC ![]() 7nceC ![]() 7nclC ![]() 7ncmC ![]() 7ncnC ![]() 7ncoC ![]() 7ncpC ![]() 7nctC ![]() 7ncuC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28963.014 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-U8B / ( #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 25 % PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48 Å / Num. obs: 92409 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 11933 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7NC3 解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 17 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 130.98 Å2 / Biso mean: 48.54 Å2 / Biso min: 23.57 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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