[日本語] English
万見
- PDB-7n4w: Complex structure of ROTU4 with rotundine -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n4w
タイトルComplex structure of ROTU4 with rotundine
要素ROTU4
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription Factor / Protein Engineering / Specificity / Synthetic Biology
機能・相同性rotundine
機能・相同性情報
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Kim, W. / Zhang, Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104896 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM125882 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Using fungible biosensors to evolve improved alkaloid biosyntheses.
著者: d'Oelsnitz, S. / Kim, W. / Burkholder, N.T. / Javanmardi, K. / Thyer, R. / Zhang, Y. / Alper, H.S. / Ellington, A.D.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ROTU4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6894
ポリマ－22,1451
非ポリマー5443
水1,964109
1
A: ROTU4
ヘテロ分子

A: ROTU4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3788
ポリマ－44,2912
非ポリマー1,0876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area3340 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.880, 50.610, 46.079
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.120, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-336-

HOH

21A-405-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ROTU4


分子量: 22145.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-P4V / rotundine / (+)-テトラヒドロパルマチン


分子量: 355.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M MES
PH範囲: 6.0 - 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.802
11-h,-k,l20.198
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 39481 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.373 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.73-1.761.80.28519990.830.2630.3890.54895.1
1.76-1.791.90.26319520.840.2410.3580.57795.1
1.79-1.8320.24319040.8550.2220.3310.61395.2
1.83-1.8620.20719970.8760.1910.2820.69895
1.86-1.91.90.1919820.8920.1750.2590.82495.6
1.9-1.951.90.16819650.9150.1540.2290.8195.5
1.95-21.90.15318930.920.1410.2081.14694.8
2-2.051.90.12419940.9440.1140.1691.03996.4
2.05-2.111.90.11519910.9530.1070.1581.23296
2.11-2.181.90.10619580.9530.0970.1441.32896.2
2.18-2.2620.09619440.9590.0890.1311.43895.9
2.26-2.3520.08920250.9650.0820.1211.6796.4
2.35-2.451.90.08519210.9650.0790.1161.73595.2
2.45-2.581.90.07719700.9670.0710.1051.8196.2
2.58-2.751.90.07119890.9730.0660.0981.91296
2.75-2.9620.06419960.9770.060.0881.87695.9
2.96-3.2620.06119720.9780.0560.0832.11296.4
3.26-3.731.90.05719490.9830.0530.0782.53397
3.73-4.6920.04820370.9860.0450.0662.29297.9
4.69-501.90.03520430.9940.0320.0481.17499.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VVX

3vvx


解像度: 1.64→46.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.919 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.016 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1735 1364 5.5 %RANDOM
Rwork0.1509 ---
obs0.1522 23459 99.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.41 Å2 / Biso mean: 27.781 Å2 / Biso min: 15.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.62 Å2-0 Å27.18 Å2
2--5.54 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→46.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1461 0 37 109 1607
Biso mean--24.99 38.71 -
残基数----183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0121528
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2461.662063
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5695182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22720.58885
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.41615262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5411514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3190.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021155
LS精密化 シェル解像度: 1.64→1.681 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 100 -
Rwork0.181 1596 -
obs--93.39 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る