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- PDB-7myj: Structure of full length human AMPK (a2b1g1) in complex with a sm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7myj
タイトルStructure of full length human AMPK (a2b1g1) in complex with a small molecule activator MSG011
要素
  • (5'-AMP-activated protein kinase subunit ...) x 2
  • 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Activator / Kinase / AMPK
機能・相同性
機能・相同性情報


[hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy ...[hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / nail development / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / : / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy / import into nucleus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine metabolism / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / protein kinase regulator activity / protein localization to lipid droplet / negative regulation of TOR signaling / response to muscle activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / regulation of glycolytic process / Nuclear events mediated by NFE2L2 / lipid biosynthetic process / cAMP-dependent protein kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / Macroautophagy / positive regulation of protein localization / AMP binding / cholesterol biosynthetic process / cellular response to nutrient levels / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of protein kinase activity / regulation of macroautophagy / fatty acid homeostasis / cellular response to glucose starvation / positive regulation of autophagy / energy homeostasis / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to calcium ion / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of glycolytic process / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of circadian rhythm / ADP binding / Wnt signaling pathway / fatty acid biosynthetic process / autophagy / cytoplasmic stress granule / cellular response to prostaglandin E stimulus / rhythmic process / cellular response to xenobiotic stimulus / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / nuclear speck / axon / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / chromatin binding / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase ...PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4O7 / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-ZQV / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Ovens, A.J. / Gee, Y.S. / Ling, N.X.Y. / Waters, N.J. / Yu, D. / Scott, J.W. / Parker, M.W. / Hoffman, N.J. / Kemp, B.E. / Baell, J.B. ...Ovens, A.J. / Gee, Y.S. / Ling, N.X.Y. / Waters, N.J. / Yu, D. / Scott, J.W. / Parker, M.W. / Hoffman, N.J. / Kemp, B.E. / Baell, J.B. / Oakhill, J.S. / Langendorf, C.G.
資金援助 オーストラリア, 5件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1143080 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1098459 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1145265 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1138102 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP170101196 オーストラリア
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2022
タイトル: Structure-function analysis of the AMPK activator SC4 and identification of a potent pan AMPK activator.
著者: Ovens, A.J. / Gee, Y.S. / Ling, N.X.Y. / Yu, D. / Hardee, J.P. / Chung, J.D. / Ngoei, K.R.W. / Waters, N.J. / Hoffman, N.J. / Scott, J.W. / Loh, K. / Spengler, K. / Heller, R. / Parker, M.W. ...著者: Ovens, A.J. / Gee, Y.S. / Ling, N.X.Y. / Yu, D. / Hardee, J.P. / Chung, J.D. / Ngoei, K.R.W. / Waters, N.J. / Hoffman, N.J. / Scott, J.W. / Loh, K. / Spengler, K. / Heller, R. / Parker, M.W. / Lynch, G.S. / Huang, F. / Galic, S. / Kemp, B.E. / Baell, J.B. / Oakhill, J.S. / Langendorf, C.G.
履歴
登録2021年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,66014
ポリマ－265,2976
非ポリマー3,3648
水00
1
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
E: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3307
ポリマ－132,6483
非ポリマー1,6824
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15530 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area41370 Å2
手法PISA
2
C: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
D: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
F: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3307
ポリマ－132,6483
非ポリマー1,6824
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15220 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area43390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.844, 134.199, 141.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA ...AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase kinase / HMGCR kinase


分子量: 63918.051 Da / 分子数: 2 / 変異: D271G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAA2, AMPK, AMPK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P54646, non-specific serine/threonine protein kinase, [acetyl-CoA carboxylase] kinase, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase

-
5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2種, 4分子 BDEF

#2: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 / AMPKb


分子量: 30504.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAB1, AMPK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y478
#3: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / AMPKg


分子量: 38225.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P54619

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-4O7 / (5S,6R,7R,9R,13cR,14R,16aS)-6-methoxy-5-methyl-7-(methylamino)-6,7,8,9,14,15,16,16a-octahydro-5H,13cH-5,9-epoxy-4b,9a,1 5-triazadibenzo[b,h]cyclonona[1,2,3,4-jkl]cyclopenta[e]-as-indacen-14-ol / staurosporine


分子量: 470.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H30N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZQV / 5-({5-[(4'R)-4'-acetamido-2',3',4',5'-tetrahydro[1,1'-biphenyl]-4-yl]-6-chloro-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl}oxy)-2-methylbenzoic acid


分子量: 516.976 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H25ClN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.74 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 8-10% PEG3350, 1% glucose, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M imidazole, 0.0005-0.003% CAPB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.71073 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→48.72 Å / Num. obs: 59194 / % possible obs: 98.91 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 70.8 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.95→3.055 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5846 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.369 / Rrim(I) all: 0.523 / % possible all: 97.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
Cootモデル構築
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6B1U

6b1u


解像度: 2.95→48.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 9.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.277 / SU Rfree Blow DPI: 0.342 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.358
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2991 5.05 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.215 59183 99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 76.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.6837 Å20 Å2-7.3348 Å2
2---9.7421 Å20 Å2
3---4.0584 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→48.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14501 0 277 0 14778
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00815159HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9820694HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4973SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes292HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2202HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15159HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2006SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16393SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 217 4.97 %
Rwork0.266 4149 -
all0.269 4366 -
obs--98.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0087-1.3379-1.13591.58690.80151.0284-0.1304-0.20680.00680.15580.12390.06980.20730.2290.0065-0.00750.019-0.04280.14570.04030.10021.8738-14.2233-48.4696
22.6476-2.238-2.31851.82672.08522.5436-0.7514-0.2221-0.41240.66830.34590.49530.88980.21370.40550.2366-0.02260.1461-0.01720.05460.02640.2227-31.6731-51.7308
31.4210.79630.6231.03570.55291.1763-0.22250.30110.0209-0.27380.2758-0.0695-0.29090.2246-0.05330.1123-0.12570.04070.0304-0.00370.0967-35.8075-61.6856-20.3315
41.02071.7391.02142.66262.17341.2551-0.31230.26080.0633-0.43440.4248-0.0411-0.39350.1995-0.11250.2256-0.1017-0.09090.0320.03580.0172-36.5-43.9974-18.2095
52.5941-0.842-1.9072.20330.60032.57050.11480.26460.1224-0.1026-0.00450.1351-0.261-0.3252-0.11040.1079-0.04050.0140.1544-0.0030.1452-32.47649.8465-37.3654
61.82150.28430.75371.06950.42412.9568-0.10030.2028-0.1521-0.04610.10130.20650.1392-0.4052-0.00090.0764-0.0856-0.02560.1305-0.0080.0996-70.0928-83.8522-35.0197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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