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- PDB-7mx1: PLK-1 polo-box domain in complex with a high affinity macrocycle ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mx1
タイトルPLK-1 polo-box domain in complex with a high affinity macrocycle synthesized using a novel glutamic acid analog
要素
  • ACE-PRO-LEU-ALA-SER-TPO
  • Serine/threonine-protein kinase PLK1
キーワードPROTEIN BINDING / MACROCYCLIC PHOSPHOPEPTIDE / MITOTIC KINASE. POLO-BOX DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Golgi inheritance / synaptonemal complex disassembly / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / nuclear membrane disassembly / polo kinase / mitotic nuclear membrane disassembly ...Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Golgi inheritance / synaptonemal complex disassembly / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / nuclear membrane disassembly / polo kinase / mitotic nuclear membrane disassembly / protein localization to nuclear envelope / Phosphorylation of Emi1 / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / regulation of protein binding / anaphase-promoting complex binding / Phosphorylation of the APC/C / outer kinetochore / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of mitotic spindle assembly / microtubule bundle formation / Polo-like kinase mediated events / mitotic chromosome condensation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / sister chromatid cohesion / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / centrosome cycle / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / regulation of mitotic cell cycle phase transition / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / mitotic spindle pole / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of proteolysis / centriolar satellite / mitotic cytokinesis / spindle midzone / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / protein localization to chromatin / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of mitotic cell cycle / centriole / AURKA Activation by TPX2 / Condensation of Prophase Chromosomes / mitotic spindle organization / regulation of cytokinesis / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / RHO GTPases Activate Formins / protein destabilization / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / establishment of protein localization / kinetochore / spindle pole / positive regulation of protein localization to nucleus / spindle / Separation of Sister Chromatids / G2/M transition of mitotic cell cycle / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / microtubule binding / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of cell cycle / protein kinase activity / protein ubiquitination / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / chromatin / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZOY / Serine/threonine-protein kinase PLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Grant, R.A. / Hymel, D. / Yaffe, M.B. / Burke, T.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Design and synthesis of a new orthogonally protected glutamic acid analog and its use in the preparation of high affinity polo-like kinase 1 polo-box domain - binding peptide macrocycles.
著者: Hymel, D. / Tsuji, K. / Grant, R.A. / Chingle, R.M. / Kunciw, D.L. / Yaffe, M.B. / Burke Jr., T.R.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
B: Serine/threonine-protein kinase PLK1
C: ACE-PRO-LEU-ALA-SER-TPO
E: ACE-PRO-LEU-ALA-SER-TPO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4806
ポリマ－55,7574
非ポリマー7232
水8,467470
1
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
C: ACE-PRO-LEU-ALA-SER-TPO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2403
ポリマ－27,8792
非ポリマー3621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11430 Å2
手法PISA
2
B: Serine/threonine-protein kinase PLK1
E: ACE-PRO-LEU-ALA-SER-TPO
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2403
ポリマ－27,8792
非ポリマー3621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.713, 64.958, 71.674
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 372 through 431 or resid 433 through 577 or resid 579 through 593))
21(chain B and (resid 372 through 431 or resid 433...
12chain C
22chain E
13chain D
23chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 372 through 431 or resid 433 through 577 or resid 579 through 593))A372 - 431
121(chain A and (resid 372 through 431 or resid 433 through 577 or resid 579 through 593))A433 - 577
131(chain A and (resid 372 through 431 or resid 433 through 577 or resid 579 through 593))A579 - 593
211(chain B and (resid 372 through 431 or resid 433...B372 - 431
221(chain B and (resid 372 through 431 or resid 433...B433 - 503
231(chain B and (resid 372 through 431 or resid 433...B506 - 577
241(chain B and (resid 372 through 431 or resid 433...B579 - 593
112chain CC0 - 5
212chain EE0 - 5
113chain DD1
213chain FF1

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Polo-like kinase 1 / PLK-1 / Serine/threonine-protein kinase 13 / STPK13


分子量: 27285.158 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 367-603 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK1, PLK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53350, polo kinase
#2: タンパク質・ペプチド ACE-PRO-LEU-ALA-SER-TPO


分子量: 593.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: no biological source / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZOY / N-[(4S)-4,5-diamino-5-oxopentyl]-10-phenyldecanamide


分子量: 361.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H35N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.84 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M. CaCl2, 15% PEG-3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97917 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 62431 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 1.14 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.65-1.717.21.15862200.6870.4621.2490.502100
1.71-1.787.40.75861990.8580.2990.8160.527100
1.78-1.867.40.49462220.9240.1940.5310.587100
1.86-1.967.50.33161920.9640.130.3560.804100
1.96-2.087.50.18762540.9850.0730.2010.908100
2.08-2.247.50.13562270.9910.0530.1451.141100
2.24-2.467.50.10762270.9930.0420.1151.373100
2.46-2.827.40.0862580.9950.0320.0861.581100
2.82-3.557.30.05562770.9980.0220.0592.00999.9
3.55-507.30.04263550.9980.0170.0451.96899.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DFW

4dfw


解像度: 1.64→49.13 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2041 2000 3.2 %
Rwork0.1754 60411 -
obs0.1763 62411 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.69 Å2 / Biso mean: 45.6897 Å2 / Biso min: 11.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.64→49.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3669 0 118 470 4257
Biso mean--41.96 46.37 -
残基数----454
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 7.524 / タイプ: TORSIONAL

Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-ID数
11AA2072
12BB2072
21CC38
22DE38
31EC30
32FE30
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.64-1.690.2981200.2703362384
1.69-1.730.25381440.24834347100
1.73-1.780.29471430.22574343100
1.78-1.840.24881450.21164359100
1.84-1.910.21431444347100
1.91-1.980.24281440.21084351100
1.98-2.070.21751440.18514359100
2.07-2.180.1961440.18214363100
2.18-2.320.2171450.17694358100
2.32-2.50.19921450.17844382100
2.5-2.750.20971450.18354368100
2.75-3.140.22051450.17774373100
3.15-3.960.19341440.15864381100
3.96-49.130.17021480.1514445799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.67673.3087-0.08254.77660.62052.6487-0.1213-0.259-0.2160.42140.1466-0.14350.06930.0842-0.05580.2880.0087-0.02980.12980.04920.2449106.6811-20.622336.8817
27.44933.33712.5634.38611.21962.5870.0598-0.16560.3773-0.1052-0.00350.6508-0.1166-0.5266-0.1190.20370.00140.04790.23250.03850.251593.3807-10.308833.9132
34.3957-0.6508-0.59830.7754-0.99561.41290.0344-0.00580.40740.0303-0.0855-0.2389-0.02570.22510.0420.1925-0.0050.00190.1354-0.00190.2405126.0851-6.56625.59
46.41060.4952-1.37185.876-1.8164.1035-0.2383-0.59790.6496-0.214-0.1436-0.93920.53280.33840.17970.3288-0.0704-0.03880.36840.02670.361137.0607-7.824233.3155
56.3254-0.87930.56212.6359-0.23952.9938-0.12981.0870.8971-0.1275-0.2371-0.1748-0.44980.4940.25810.2308-0.04710.02240.29640.13310.3363133.003-2.900519.3385
63.6558-1.7944-1.59423.29051.45051.141-0.1349-0.31010.52540.5090.062-0.2184-0.29130.13390.06780.3076-0.0114-0.05220.1697-0.01550.3116116.0047-1.058131.8965
78.3272.58551.71286.42583.29094.3239-0.03670.3702-0.39520.08280.0688-0.32210.25980.22-0.14970.21950.02720.01850.1027-0.00920.1925117.2171-16.677723.3838
84.0458-1.4985-0.50892.8944-1.07560.84940.05310.3104-0.09350.003-0.03760.16750.0573-0.0827-0.02270.1708-0.0004-0.00810.1121-0.00490.1402110.457-11.208124.7452
94.2131-0.90760.1046.2435-2.75071.61080.03680.30990.3552-0.1827-0.10280.2124-0.04510.0089-0.00350.19250.01930.00670.11550.01040.168104.933-6.526827.8975
104.8749-0.4435-1.55573.32610.6042.467-0.03660.0686-0.28860.00410.01560.17890.2315-0.16120.01730.1948-0.0201-0.01590.09390.02380.1455102.6058-15.861230.2589
116.39590.9840.53541.5455-0.49280.2864-0.32281.2686-0.3498-1.16860.3468-0.08770.63180.36820.50920.5773-0.18030.28430.9071-0.13590.2303131.6259-10.723149.881
124.83710.7841-0.14471.2575-0.86942.959-0.24030.34310.2069-0.04260.0923-0.05470.1060.14650.070.1877-0.00670.00390.31360.07020.234124.0996-2.871462.9898
133.1671-0.3779-0.26761.4313-0.39084.0522-0.10090.87750.81510.12220.096-0.01070.438-0.9201-0.27810.26410.05690.07140.81770.29940.4243103.72752.354559.1266
142.9744-1.75432.09991.6727-1.78211.9745-0.2147-0.97710.28770.41490.26030.0609-0.5022-1.42040.12670.27990.13380.06770.72660.08510.3008105.91260.016372.2359
153.76061.8267-1.73433.3714-1.7314.07910.1006-0.74920.84680.3744-0.23730.1946-0.3828-0.32390.11270.2745-0.084-0.03360.4702-0.06350.3756126.61865.937269.3794
162.5421-1.07010.66229.3191-3.69324.32-0.12160.35210.1794-0.1717-0.0976-0.07480.1301-0.10260.12340.1861-0.0121-0.01330.32680.05580.1829119.8806-3.871859.8234
174.96420.71020.1193.31980.96583.6882-0.05480.02260.00690.13950.0415-0.20420.05150.5023-0.02420.2261-0.0028-0.02060.41510.1090.231130.8388-3.729163.9303
187.9414-2.4121-2.45773.74140.48644.40170.02060.57640.1836-0.4835-0.2445-0.3933-0.00160.40010.09940.3361-0.04710.02520.72540.15970.3724141.4273-1.6155.494
192.29651.4863-0.63783.4107-1.7932.5096-0.55290.096-1.483-0.2235-0.1495-0.80441.09870.6280.32810.40130.06640.1820.40950.02830.4845132.4161-14.273559.3322
202.6888-3.0188-4.02587.82866.85237.25480.09910.0053-0.19060.5073-0.15160.4651.0349-0.19660.43960.2860.0652-0.00980.29420.10340.1744120.4974-9.809912.61
213.595-3.89650.40954.55280.33063.79450.2008-0.0167-0.2018-0.1212-0.07050.10450.4243-0.11630.01560.29320.04540.00470.49040.03950.2837120.1344-8.657275.7985
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 372 through 387 )A372 - 387
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 388 through 405 )A388 - 405
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 406 through 454 )A406 - 454
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 455 through 469 )A455 - 469
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 470 through 489 )A470 - 489
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 490 through 510 )A490 - 510
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 511 through 525 )A511 - 525
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 526 through 544 )A526 - 544
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 545 through 558 )A545 - 558
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 559 through 593 )A559 - 593
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 372 through 386 )B372 - 386
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 387 through 444 )B387 - 444
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 445 through 469 )B445 - 469
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 470 through 489 )B470 - 489
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 490 through 499 )B490 - 499
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 500 through 525 )B500 - 525
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 526 through 558 )B526 - 558
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 559 through 573 )B559 - 573
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 574 through 593 )B574 - 593
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1 through 4 )C1 - 4
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 4 )E1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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